Část 2: Varianty Cistanche-Common Risk u NPHS1 a TNFSF15 jsou spojeny s dětským nefrotickým syndromem citlivým na steroidy

Kontakt:joanna.jia@wecistanche.com/ WhatsApp: 008618081934791

Cistanche může pomoci s nefrotickým syndromem

DISKUSE

Současný japonský GWAS s dosud největší velikostí vzorku a replikací v mnoha kontinentálních populacích identifikoval běžné varianty v oblastech NPHS1 a TNFSF15 jako nové faktory náchylnosti k dětské SSNS. Post-GWAS analýza lokusu chromozomu 19 identifikovala potenciální transkripční mechanismus, kterým může rizikový haplotyp NPHSI přispívat k onemocnění. A konečně, větší velikost vzorku umožnila další jemné mapování dříve implikovaných lokusů HLA.1 "Celkově tyto nálezy výrazně rozšiřují a zlepšují naše chápání genetického pozadí dětského SSNS. Identifikují nefrin, prozánětlivý cytokin, člen superrodiny tumor nekrotizujícího faktoru 15(TNFSF15) a jejich přidružené molekuly jako nové cíle pro biologický výzkum pro lepší pochopení SSNS a potenciálně pro terapeutický vývoj. A konečně, spojení s běžnými variantami v lokusu NPHSI poskytuje další příklad ukazující, že geny mendelovského onemocnění ledvin mohou obsahovat varianty náchylnosti k častější multifaktoriální onemocnění (SSNS).

Vzácné mutace v NPHS1 způsobují vrozenénefrotickýsyndromfinského typu, vzácný monogennefrotickýsyndromkterý je odolný vůči steroidům a má špatnou renální prognózu. Tato studie překvapivě odhalila, že varianty v NPHS1 jsou spojeny s náchylností k SSN.

Although NPHS1 has never been implicated in genome-wide scans for SSNS, a candidate association study between this gene's variants and SSNs in East Asian patients supports our current findings. In our present study, one of the significant SNPs in the NPHSI locus was the synonymous variant rs2285450(c.294 C>T) v exonu 3. Dříve Sun et al. hlásili vyšší frekvenci minoritní alely rs2285450 v čínských sporadickýchnefrotickýsyndrompacientů ze Singapuru než u kontrol (20 procent vs. 13 procent, P= 0.025) a ukázalo se, že riziková alela vedla ke snížené schopnosti inhibovat proudy TRPC6 v buňkách HEK293-M1 pomocí náplasti svorka, která by mohla být odpovědná za náchylnost k proteinurii.27,28 Tato studie poskytuje nezávislou podporu pro rs2285450 jako rizikový faktor pro SSNS a navrhuje alternativní mechanismus pro náchylnost knefrotický syndromvyžadující další šetření.

cistancheje dobré pronefrotický syndrom

Pomocí párovaných lidských genetických a glomerulárních transkriptomických dat jsme nepozorovali rozdíly v celkové expresi NPHS1 jako funkci tohoto rizikového haplotypu. Data RNA-seq však umožnila pozorování významné ASE, což má za následek nižší expresi NPHSI z haplotypu obsahujícího rizikové alely (doplňkový obrázek S11). Řada rizikových variant v tomto lokusu byla synonymem pro exonické změny v NPHS1. Zaměřili jsme se proto více na NPHSI a nepokračovali v diskusi o úloze KIRREL2 v potenciálních mechanismech onemocnění. Budoucí práce by měla zahrnovat: (i) ověření tohoto pozorování u dalších pacientů s genotypizací a údaji o expresi ledvin; a (ii) získání mechanického pochopení toho, jak toto ASE NPHSI přispívá nebo způsobuje spojení s SSN, které jsme pozorovali. Potenciální hypotézy dysfunkce zahrnují: (i) zvýšené zatížení buňky produkovat potřebné množství nefrinu z referenčního chromozomu, což vede k buněčnému stresu a zvýšené náchylnosti k poranění; a (i) potenciálně dysfunkční nefrinový protein produkovaný rizikovým haplotypem (např. prostřednictvím různých posttranslačních modifikací), což má za následek abnormální glomerulární filtrační bariéru.

Genetické polymorfismy v lokusu 9q32 jsou spojeny s několika autoimunitními a zánětlivými onemocněními.23,29-31 Nejpravděpodobnějším genem způsobujícím onemocnění v 9q32 je TNFSF15, který kóduje TNFSF15. V této studii byla významná asociace rs4979462 replikována nezávisle a dále posílena transetnickou metaanalýzou. Dříve Hitomi et al.3 identifikovali rs4979462 jako funkční variantu in vitro funkční analýzou s použitím luciferázového testu a testu posunu elektroforetické mobility. Test super-shift objasnil, že riziková alela (T) rs4979462 vytvořila nové vazebné místo NF-1.2 Kromě toho několik zpráv ukázalo, že riziková alela rs4979432 ovlivňuje hladinu exprese mRNA TNFSF15.{{{{101} 19}}Pro potvrzení asociace TNFSF15 s SSNS u dětí jsou zapotřebí další studie.

V této studii byly varianty v lokusech NPHSI a TNFSF15 identifikovány a replikovány především ve východní Asii (Japonsko a Koreje) a v jihoasijské populaci, u kterých byl hlášen vyšší výskyt onemocnění. Naproti tomu frekvence rizikových alel kandidátních SNP v NPHS1 byly vzácné u lidí evropského původu (tabulka 1). Tato zjištění mohou částečně vysvětlit epidemiologické rozdíly mezi populacemi z pohledu polymorfismů souvisejících s onemocněním. Tento rozdíl je dále ilustrován absencí významných signálů v našem japonském datovém souboru v oblastech CALHM6/FAM26F a PARMl, které byly detekovány v homogenní kohortě evropského původu.5

S převládajícím přispěním genů HLA-DR/DQ byly s onemocněním silně spojeny genové sady proteinového komplexu hlavního histokompatibilního komplexu II. třídy a aktivita receptoru hlavního histokompatibilního komplexu II. třídy. Vrozená imunitní odpověď byla také identifikována jako významný genový soubor se středním účinkem. Vrozený imunitní systém včetně aktivace profesionálních buněk (buňky prezentující antigen a B buňky/Toll-like receptory), stejně jako adaptivní imunitní systém, ve kterém hrají klíčovou roli molekuly HLA, se podílí na procesu a reakci onemocnění. k léčbě.3,4

Kolem 90 procent dědičnosti dětských SSNS přispívaly běžné varianty, i když byly vzaty v úvahu i varianty s relativně vzácnými frekvencemi alel (MAF: 0,5 procenta -5 procent). Velká část dědičnosti onemocnění však zůstává nezodpovězena. Další varianty spojené s onemocněním v oblastech bez HLA by mohly být identifikovány budoucími celogenomovými studiemi s větší velikostí vzorků, zejména u pacientů evropských a jiných mimovýchodoasijských předků, protože polymorfismy spojené s onemocněním v oblastech bez HLA jsou stále z velké části neznámý.

V této studii velikosti vzorků v replikačních kohortách s různými předky omezily sílu pro replikaci signálů s menší velikostí efektů. Stratifikace populace může existovat ve fázi replikace kvůli nedostatečnému přizpůsobení. Kromě toho se mezi případy a kontrolami mohly vyskytnout účinky šarže, když byly frekvence alel z veřejných databází použity jako kontroly s odpovídající populací.

Souhrnně řečeno, objevy zde poskytují nové lokusy SSNS. Zejména lokus NPHS1 poskytuje nový provokativní koncept pro patogenezi onemocnění, spojuje a posiluje nově vznikající paradigma v nefrologii – v určitých genech nesoucích mendelovské varianty mohou běžnější alely zvýšit náchylnost k multifaktoriálním, polygenním onemocněním, jak bylo dříve prokázáno pro UMOD, COL4A3 a NPHS2.26,35- A konečně, současná zjištění opět zdůrazňují důležitost provádění genomického výzkumu v různých populacích. Tím jsme objevili specifické SNP, které budou mít pravděpodobně větší dopad na populace východní a jižní Asie, a zároveň jsme identifikovali geny a lokusy, které mohou být důležité ve všech populacích, vůči nimž bychom byli statisticky slepí, kdybychom použili evropskou kohortu objevů.

Cistanche může pomoci s nefrotickým syndromem

METODY

Další podrobnosti viz Doplňkové metody.

Vzorky

Ve fázi objevu bylo u 1018 japonských pacientů diagnostikováno dětské SSNS (věk nástupu<18 years)="" were="" recruited.="" patients="" with="" a="" history="" of="" steroid="" resistance="" during="" follow-up="" were="" excluded.="" overall,="" 3331="" japanese="" healthy="" adults="" were="" recruited="" as="" controls.="" all="" participants="" provided="" written="" informed="">

Genotypizace a imputace celého genomu ve fázi objevu

Ve fázi objevu bylo pomocí pole Affymetrix Japonica genotypováno 1018 případů a 3331 kontrol. Devatenáct vzorků bylo vyloučeno nízkou sazbou hovorů (<97%) during="" the="" genotype="" calling="" process.="" nine="" controls="" with="" ambiguous="" sex="" were="" excluded.="" then,="" whole-genome="" imputation="" was="" performed="" with="" impute4-(version="" 2.3.1)using="" a="" phased="" reference="" panel="" of="" 2036="" healthy="" japanese="" individuals.="" after="" whole-genome="" imputation,="" there="" were="" 22,049,786="" autosomal="" single-nucleotide="" variants="" and="" short="" insertions="" and="" deletions="" with="">