Celogenomová asociační studie identifikuje nová loci pro diabetem 2. typu připisovaného konečnému stadiu onemocnění ledvin u Afroameričanů
Mar 04, 2022
Meiji Guan1,2, Jacob M. Keaton1,2, Latchezar Dimitrov1,2, Pamela J. Hicks1,2, Jianzhao Xu1,2, Nicholette D. Palmer1,2,3, Lijun Ma4, Swapan K. Das5, Yii-Der I Chen6, Josef Coresh7, Myriam Fornage8, Nora Franceschini9, Holly Kramer10,11, Carl D. Langefeld12,13, Josyf C. Mychaleckyj14, Rulan S. Parekh15, Wendy S. Post7, Laura J. Rasmussen-Torvik Rich16, Stephen S.14 , Jerome I. Rotter6,17, John R. Sedor18,19, Denyse Thornley-Brown20, Adrienne Tin7, James G. Wilson21, Barry I. Freedman4, Donald W. Bowden1,2,3, Maggie CY Ng1,2,3* a FIND Consortium
Abstraktní
Pozadí: Koncová fázeledvinachoroba(ESKD) je významným problémem veřejného zdraví, který neúměrně ovlivňuje Afroameričany (AA). Diabetes typu 2 (T2D) je hlavní příčinou ESKD v USA a snahy odhalit genetickou náchylnost k diabetickému onemocnění ledvin (DKD) mají omezený úspěch. Předchozí celogenomová asociační studie (GWAS) u AA s T2D-ESKD byla rozšířena o další případy AA a kontroly a genotypy připisované referenčnímu panelu 1000 genomů s vyšší hustotou. Analýza objevu zahrnovala 3432 případů T2D-ESKD a 6977 nediabetických kontrol bez nefropatie (N = 10,409), po níž následovala diskriminační analýza u 2756 kontrol T2D bez nefropatie k vyloučení variant spojených s T2D.
Výsledek:Šest nezávislých variant umístěných v nebo poblížRND3/RBM43, SLITRK3, ENPP7, GNG7, aAPOL1dosáhl významné asociace v celém genomu (P <5×>−8) s T2D-ESKD. Po analýzách rozšíření v roce 1910nediabetikPřípady ESKD a 908 nediabetických kontrol bez nefropatie, metaanalýza 5 342 případů ESKD všech příčin AA a 6 977 kontrol AA nediabetických nefropatií odhalila další nový lokus ESKD ze všech příčin vEFNB2(rs77113398;P = 9.84 × 10–9; NEBO=1.94). VyloučeníAPOL1nositelé genotypu s renálním rizikem identifikovali dva další významné lokusy spojené s T2D-ESKD v celém genomuGRAMD3aMGAT4C. Druhá varianta naGNG7(rs373971520;P = 2.17 × 10–8, OR=1.46) zůstala spojena s ESKD ze všech příčin vAPOL1- negativní analýza.
Závěry:Nálezy poskytují další důkazy pro genetické faktory spojené s pokročilým onemocněním ledvin u AA s T2D.
klíčová slova:Afroameričané, celogenomová asociační studie, diabetes typu 2, diabetické onemocnění ledvin,Konečné stadium onemocnění ledvin
Pro více informací prosím kontaktujte:emily.li@wecistanche.com
Úvod
Stále více důkazů naznačuje, že genetické faktory hrají hlavní roli v náchylnosti ke konečnému stádiuledvinachoroba(ESKD). To je zvláště důležité u Afroameričanů (AA), kde je výskyt ESKD více než třikrát vyšší než u Evropanů (EA) [1]. Úmrtnost u pacientů s ESKD, dialyzovaných a transplantovaných pacientů je 136, 166 a 30 na 1000 pacientoroků a představuje 7,2 procenta nákladů na pojistné události hrazené Medicare [1]. Diabetes, z nichž 95 procent pacientů má diabetes 2. typu (T2D), zůstává hlavní hlášenou příčinou ESKD v USA, což představuje > 44 procent případů [1]. Zlepšení kontroly glykémie, lipidů a krevního tlaku významně nesnížilo prevalenci diabetikůledvinachoroba(DKD) [1, 2]. Navíc familiární agregace DKD je nezávislá na socioekonomickém stavu a zavedených environmentálních rizikových faktorech [3, 4]. Ačkoli alely G1 a G2 v genu pro apolipoprotein L1 (APOL1) přispívají k 50–70 procentům nediabetické ESKD u AA, nevysvětlují plně nadměrné riziko ESKD připisované T2D (T2D-ESKD) v této populaci [ 5–7].
Celogenomové asociační studie (GWAS) identifikovaly > 70 celogenomově významných variant spojených s chronickýmiledvinachoroba(CKD), albuminurie nebo renální funkce v evropských populacích [8–11]. Jen málo lokusů však bylo spojeno s DKD v různých populacích a nereplikují se konzistentně, částečně kvůli omezené velikosti vzorku [12–18]. Etiologie ledvinových komplikací u pacientů s T2D je pravděpodobně heterogennější než u pacientů s diabetem 1. typu [16]. Ke zlepšení statistické síly je proto zapotřebí pečlivé fenotypování a větší velikosti vzorků. Abychom prozkoumali genetickou architekturu pokročilého onemocnění ledvin u T2D, rozšířili jsme naše předchozí snahy GWAS (2 890 pacientů s ESKD a 1 719 nediabetických kontrol bez nefropatie) na větší vzorek AA s těžkýmledvinachoroba. Asociační analýzy byly provedeny v šesti nezávislých AA kohortách (Wake Forest School of Medicine, WFSM; Family Investigation of Nephropathy and Diabetes, FIND; Atherosclerosis Risk in Communities Study, ARIC; Multi-etnická studie aterosklerózy, MESA; Jackson Heart Study, JHS; a rozvoj rizika koronárních tepen u mladých dospělých, CARDIA) pro T2D-ESKD nebo nediabetickou ESKD prostřednictvím vícefázového designu studie (obr. 1). To zahrnovalo 15 075 AA klasifikovaných do čtyř fenotypových skupin: případy T2D-ESKD (N=3432), nediabetické kontroly bez nefropatie (N=6977), kontroly s nefropatií bez T2D (N {{16} }) a nediabetické případy ESKD (N=1910).
Ve fázi objevu byla GWAS provedena u 3 432 případů T2D-ESKD a 6 977 nediabetických kontrol bez nefropatie, následovala diskriminační analýza k vyloučení lokusů spojených s T2D u 2 756 kontrol bez nefropatie T2D. Extenzní analýzy byly provedeny u 1910 AA s nediabetickou ESKD a 908 nenefropatických kontrol, aby se vyhodnotil přínos lokusů spojených s T2D-ESKD k nediabetickýmledvinachoroba. Metaanalýza diabetických a nediabetických případů ESKD hodnotila genetické asociace u ESKD ze všech příčin. APOL1-přidružené formy nediabetikůledvinachorobaa T2D u pacientů často koexistují. Jako takové mnoho diabetických pacientů sledvinachorobamůže být chybně klasifikován jako s DKD, protože diagnostickýledvinabiopsie se obvykle neprovádějí. Zde byla provedena druhá analýza GWAS s vyloučením jedinců s genotypy APOL1 s renálním rizikem, aby se minimalizovala chybná klasifikace T2D-ESKD.
Výsledek
Přehled studia
Tato studie má > 80 procent schopnost detekovat běžné varianty (MAF větší nebo rovno 0,10) se středním účinkem (NEBO větší nebo rovno 1,3) na hladině významnosti 5 × 10-8 (http: //csg.sph.umich.edu/abecasis/ kočky/). Celkem sedm celogenomově významných lokusů (P<5× 10−8="" )="" associated="" with="" t2d-eskd="" were="" identified="" in="" either="" the="" baseline="" model="" (rnd3/rbm43,="" slitrk3,="" enpp7,="" gng7,="" and="" apol1)="" or="" apol1-negative="" model="" (enpp7,="" gramd3,="" and="" mgat4c).="" in="" addition="" to="" apol1,="" two="" loci,="" efnb2="" and="" gng7,="" also="" reached="" genome-wide="" significance="" in="" the="" all-cause="" eskd="" meta-analysis="" under="" either="" the="" baseline="" or="" apol1-negative="">
Klinické charakteristiky účastníků studie
Tabulky 1 a 2 obsahují podrobné charakteristiky účastníků studie. Případy ESKD byly získány ze studií WFSM (Affy6.0, Axiom a MEGA), FIND a ARIC. Jedinci s nefropatií bez T2D-ESKD nebo s nefropatií postrádající T2D byli při náboru starší (nebo podobného věku) ve srovnání s nediabetickými kontrolami bez nefropatie. Průměrný věk při diagnóze T2D v případech T2D-ESKD a kontrolách s nefropatií postrádající T2D byl však při náboru mladší než nediabetické kontroly bez nefropatie. Všechny T2D kontroly bez nefropatie a nediabetické kontroly bez nefropatie měly normální eGFR větší nebo rovnou 60 ml/min/1,73 m2. Kromě toho měly nediabetické kontroly bez nefropatie hladiny glukózy nalačno < 126="" mg/dl.="" kontroly="" s="" nefropatií="" postrádající="" t2d="" byly="" obéznější="" než="" případy="" t2d-eskd="" nebo="" nediabetické="" eskd="" a="" nediabetické="" kontroly="" bez="" nefropatie,="" kromě="" případů="" t2d-eskd="" v="" aric,="" byly="" obéznější="" než="" ostatní="">
Analýza asociace T2D-ESKD fáze 1 a fáze 2
Ve fázi 1 objevu byla GWAS provedena samostatně ve třech souborech dat: (1) 1513 případů T2D-ESKD a 5299 nediabetických kontrol bez nefropatie genotypovaných na Affy6.0, přispěly WFSM, FIND, ARIC, JHS, MESA a CARDIA (stadium 1a); (2) 1700 případů T2D-ESKD a 770 nediabetických kontrol bez nefropatie z WFSM genotypovaných pomocí genotypizačního pole Axiom Biobank (stadium 1b); a (3) 219 případů T2D-ESKD a 908 nediabetických kontrol bez nefropatie z WFSM genotypovaných na MEGA (stadium 1c). Byla provedena metaanalýza (stádium 2) za účelem kombinace výsledků asociace pro 3432 případů T2D-ESKD a 6977 nediabetických kontrol bez nefropatie ze stádií 1a, 1b a 1c. Po korekci na genomickou kontrolu byl pozorován inflační faktor λ 1,013 (Dodatečný soubor 1: Obrázek S1), což naznačuje, že struktura populace a kryptická příbuznost byly dostatečně upraveny. Mezi variantami demonstrujícími sugestivní asociace (P < 1="" ×="" 10-5="" )="" bylo="" vyloučeno="" 59="" variant="" s="" i2="" větším="" nebo="" rovným="" 80="" procentům="" kvůli="" vysoké="" heterogenitě="" ve="" velikostech="" účinku="" napříč="" studiemi.="" v="" diskriminační="" analýze="" bylo="" posouzeno="" celkem="" 478="" zbývajících="" variant="" (81="" z="" nich="" dosáhlo="" celogenomové="" významnosti;="" doplňkový="" soubor="" 1:="" tabulka="">
3. fáze diskriminační analýzy
Aby se určilo, zda asociace T2D-ESKD identifikované v metaanalýze stádia 1 byly řízeny asociací s T2D per se, byla provedena diskriminační analýza pro T2D s kontrastem 2756 AA s athy nefropatie postrádající T2D s 6977 nediabetickými kontrolami bez nefropatie. z fáze 1 (Affy6.{14}}, Axiom, MEGA; Další soubor 1: Tabulka S3). Následně jsme vyloučili 174 ze 478 variant spojených s T2D-ESK D nominálně asociovaných s T2D v nepřítomnosti nefropatie. Mezi zbývajícími asociacemi T2D-ESKD dosáhly nejvyšší varianty reprezentující 6 nezávislých asociací celogenomového významu (tabulka 3, obr. 2a). Nejsilnější asociace byla pozorována pro rs9622363 umístěný na APOL1 (P=1,42 × 10-10, OR=0,77, EAF=0,45). Tato varianta byla ve střední vazebné nerovnováze (r2=0.33 a 0,34, v daném pořadí v YRI) s alelami APOL1 G1 (rs60910145, rs73885319) asociovanými s nediabetickou ESKD [6]. Druhá nejsilnější asociace byla na rs58627064, intergenová varianta nacházející se poblíž SLITRK3, (P=6,81 × 10−10, OR=1,62, EAF=0,06). Dva nezávislé signály, rs142563193 (P=1,24 × 10−8, OR=0,74, EAF=0,23) a rs142671759 (P=5,53 × 10 −9 , OR=2.26, EAF=0.02) na chromozomu 17 umístěném blízko ENPP7, v tomto pořadí, byly také významné pro celý genom. Kromě toho dvě přidružení s T2D-ESKD, rs4807299 (P=3.21 × 10−8, OR=1.67, EAF=0.05) umístěná v GNG7 a rs72858591 (P Byly identifikovány=4.54 × 10−8, OR=1.43, EAF=0.10) umístěné v RND3/RBM43 (obr. 1a).
Analýza nediabetické ESKD fáze 4 a metaanalýza ESKD všech příčin 5. fáze
Po fázi diskriminace bylo testováno 304 variant vykazujících sugestivní asociaci s T2D-ESKD (P < 1="" ×="" 10−5="" )="" u="" 1910="" nezávislých="" nediabetických="" případů="" eskd="" a="" 908="" kontrol="" ze="" stadia="" 1c.="" cílem="" analýzy="" fáze="" 4="" bylo="" vyhodnotit="" příspěvek="" lokusů="" asociovaných="" s="" t2d-eskd="" k="">ledvinachoroba. Po vyloučení variant s heterogenitou I2 větší nebo rovnou 80 procentům bylo 25 variant nominálně spojeno s nediabetickou ESKD (P < 0,05).="" silné="" asociace="" (1,27="" ×="" 10−29="">< p="">< 8.86="" ×="" 10−15)="" byly="" pozorovány="" v="" oblasti="" apol1-myh9,="" což="" potvrzuje="" jejich="" roli="" u="">ledvina choroba. Metaanalýza ESKD ze všech příčin, včetně 5 342 všech příčin ESKD a 6 977 kontrol nediabetické nefropatie, byla provedena za účelem zhodnocení zobecnění 25 variant spojených s T2D-ESKD s širšími formami ESKD (stupeň 5). Bylo zjištěno, že 35 celogenomově významných variant na dvou lokusech je spojeno s ESKD ze všech příčin, včetně 15 variant uvnitř nebo v blízkosti EFNB2 a 20 variant v APOL1 (obr. 1b). Nejvyšší asociace v APOL1 byla rs9622363 (P=1,96 × 10−25, OR=0,68, EAF=0,43) a nejvyšší signál poblíž EFNB2 byl rs77113398 (P=9,84 × 10−9, OR=1,94, EAF=0,023) (tabulka 4, obr. 2b). Čtyři další nezávislé lokusy prokázaly sugestivní asociaci (P < 5="" ×="" 10−6)="" s="" eskd="" ze="" všech="" příčin="" na="" lpp,="" fstl5,="" oprk1/atpv1h="" a="" sybu/kcnv1="" (tabulka="" 4,="" obr.="">
Asociační analýza s vyloučením nositelů genotypu s renálním rizikem APOL1
Byla provedena sekundární analýza s vyloučením nositelů genotypu s renálním rizikem APOL1 v případech T2D-ESKD a nediabetických kontrol bez nefropatie (APOL1-negativní model), aby se obohatila o ESKD související s T2D. Základní model ukázal silnou asociaci APOL1 a MYH9 s T2D-ESKD (tabulka 3, obr. 1a), což naznačuje, že některé případy mohly být chybně klasifikovány a pravděpodobněji měly nediabetickou ESKD. Z analýzy fáze 1 bylo vyloučeno celkem 664 případů T2D-ESKD a 918 nediabetických nenefropatií, takže 2768 případů T2D-ESKD a 6059 kontrol zůstalo v negativním modelu APOL1-. Nominální asociace s T2D-ESKD (P < 1="" ×="" 10−5="" )="" byly="" pozorovány="" u="" 522="" variant="" (66="" z="" nich="" dosáhlo="" celogenomové="" významnosti;="" doplňkový="" soubor="" 1:="" tabulka="" s2)="" a="" tyto="" byly="" vybrány="" pro="" 3.="" fázi="" diskriminační="" analýzy.="" dvě="" stě="" dvacet="" tři="" variant,="" které="" měly="" důkaz="" o="" asociaci="" s="" t2d="" per="" se="" (dodatečný="" soubor="" 1:="" tabulka="" s4)="" a="" 24="" variant="" vykazujících="" silnou="" heterogenitu="" (i2="" větší="" nebo="" rovno="" 80)="" v="" metaanalýze="" bylo="" odstraněno.="" mezi="" celogenomově="" významnými="" variantami="" identifikovanými="" v="" základním="" modelu,="" rs142671759="" v="" enpp7="" (p="4.10" ×="" 10−8,="" or="2.30," eaf="0.024)" vykazoval="" konzistentní="" spojení="" s="" t2d-eskd="" v="" negativním="" modelu="" apol{61}}.="" dvě="" další="" varianty="" dosáhly="" celogenomového="" významu,="" rs75029938="" v="" gramd3="" (p="2,02" ×="" 10–9,="" or="1,89," eaf="0,042)" a="" rs17577888="" v="" oblasti="" mgat4c="" (p="3,87" ×="" 10−8,="" or="0,67," eaf="0,087)" (tabulka="" 5,="" obr.="">
Dále jsme testovali 275 sugestivních asociací T2D-ESKD, které prošly diskriminací a měly I2 < 80="" v="" 1019="" dalších="" aa="" nediabetických="" případech="" eskd,="" které="" vylučovaly="" nositele="" genotypu="" s="" renálním="" rizikem="" apol1.="" patnáct="" variant="" vykazovalo="" nominální="" důkaz="" asociace="" s="" nediabetickou="" eskd.="" ty="" byly="" následně="" testovány="" v="" metaanalýze="" eskd="" ze="" všech="" příčin="" zahrnujících="" 3="" 787="" případů="" eskd="" ze="" všech="" příčin="" a="" 6="" 059="" nediabetických="" kontrol="" bez="" nefropatie,="" z="" nichž="" byli="" vyloučeni="" nositelé="" genotypu="" s="" renálním="" rizikem="" apol1.="" 2-delece="" páru="" bází="" v="" gng7,="" rs373971520="" (p="2.17" ×="" 10−8,="" or="1.46," eaf="0.11)," dosažená="" v="" celém="" genomu="" signifikantní="" souvislost="" s="" eskd="" ze="" všech="" příčin="" (obr.="" 3b).="" sedm="" dalších="" lokusů="" vykazovalo="" nominální="" asociaci="" s="" eskd="" ze="" všech="" příčin="" (p="">< 5="" ×="" 10−6),="" včetně="" lpp,="" alk/ypel5,="" mnx1-as1/ube3c,="" nup98,="" linc01075/linc00448,="" tmco5a="" a="" sulf52/linc01="" (tabulka="" 6).="" nejvyšší="" asociace="" ze="" základního="" modelu="" měly="" mírnou="" nevýznamnost="" zeslabení,="" navzdory="" podobným="" velikostem="" účinků,="" částečně="" kvůli="" zmenšené="" velikosti="" vzorku="" (dodatečný="" soubor="" 1:="" tabulka="" s5).="" kromě="" toho="" byl="" proveden="" třetí="" gwas="" s="" apol1="" zahrnutým="" jako="" kovariát="" v="" modelu="" (apo="" l1-upravený="" model)="" a="" porovnáním="" hodnot="" −log="" (p)="" s="" výchozími="" a="" apol1-negativními="" modely.="" vysoká="" korelace="" (osobní="" korelační="" koeficient="" r="0,95)" byla="" pozorována="" mezi="" apol1-upravenými="" a="" apol1--="" negativními="" modely.="" výsledky="" všech="" tří="" srovnání="" jsou="" uvedeny="" v="" doplňkové="" dokumentaci="" (dodatečný="" soubor="" 1:="" obrázek="">
Diskuse
Uvádíme výsledky GWAS s vysokou hustotou zkoumající genetickou vnímavost k T2D-ESKD u 15 075 AA. Nejlépe varianty spojené s T2D-ESKD byly následně hodnoceny z hlediska asociace s nediabetickou ESKD a byla provedena metaanalýza pro testování jejich zobecnění na běžné formy ESKD. Osm nezávislých asociací v sedmi genetických lokusech vykazovalo celogenomově významnou asociaci s T2D-ESKD ve výchozích nebo APOL{12}negativních modelech, včetně RND 3/RBM43, SLITRK3, ENPP7, GNG7, APOL1, GRAMD3 a MGAT4C. Kromě APOL1 byly dva významné lokusy v celém genomu spojeny s ESKD ze všech příčin, EFNB2 a GNG7. Dále 10 genetických lokusů prokázalo nominální asociaci s ESKD ze všech příčin (P < 5="" ×="" 10-6="" ),="" včetně="" lpp,="" fstl5,="" oprk1/atp6v1h,="" sybu/kcnv1,="" alk/ypel5,="" mnx1-as1/ube3c,="" nup="" 98,="" linc01075/linc00448,="" tmco5a="" a="" sulf2/lin="">
Nejvýznamnější souvislost mezi T2D-ESKD (NEBO=0,77, P=1,42 × 10−10) a ESKD ze všech příčin (NEBO=0,69, P {{11 }}.96 × 10−25) v základním modelu byla intronická varianta rs9622363 v oblasti APOL1 spojená s nediabetikyledvina chorobau jedinců s africkými předky. Kondicionování na alelách APOL1 G1 a G2 dramaticky snižuje jejich význam [6]. Uvádí se, že rs9622363 mění vazebné motivy transkripčního faktoru (TF) (Dodatečný soubor 1: Tabulka S6). V nedávné studii alely rs9622363 a APOL1 G1 vytvořily haplotyp, který dosáhl nejsilnější asociace s CKD u Nigerijců [19]. Na rozdíl od G1 nebo G2 je hlavní alela v rs9622363 (G, EAF=0.57) spojena s rizikem CKD. Po vyloučení nositelů genotypu s renálním rizikem APOL1 byla asociace s rs9622363 oslabena. To potvrdilo, že rs9622363 a alely APOL1 G1 a G2 přispívají ke stejnému signálu. Identifikace rs9622363 v základním modelu může naznačovat nesprávnou klasifikaci některých případů jako T2D-ESKD.
Intergenní varianta (rs72858591) umístěná mezi genem proteinu GTPázy RND3 a RBM43, kódující protein 43 vazebného motivu RNA, odhalila významnou asociaci s T2D-ESKD v celém genomu. Je spojena se změnami vazebného motivu TF a překrývá se s oblastmi promotoru i zesilovače (Dodatečný soubor 1: Tabulka S6). Nezávislá intergenová varianta (rs7560163, r2=0.01, YRI) v této oblasti byla dříve asociována s T2D u AA [20]. Naproti tomu rs72858591 nebyl v této studii spojen s T2D (P=0.073). To může naznačovat, že dvě různé sady variací v tomto lokusu nezávisle přispívají k T2D a T2D-ESKD, což je možný pleiotropní efekt. Dvě nezávislé varianty (rs142563193 a rs142671759), které byly v celém genomu významně asociovány s T2D-ESKD, se nacházejí poblíž ENPP7. Tyto varianty se překrývají s oblastmi zesilovače a promotoru, píky hypersenzitivními na DNázu a/nebo TF vazebnými motivy (Dodatečný soubor 1: Tabulka S6). Protein kódovaný ENPP7 je střevní alkalická sfingomyelin fosfodiesteráza, která přeměňuje sfingomyelin na ceramid a fosfocholin. ENPP7 údajně ovlivňuje absorpci cholesterolu [21] a četné studie naznačují, že hladiny cholesterolu v lipoproteinech s vysokou hustotou jsou rizikovými faktory pro CKD u pacientů s diabetem [22–24].
Dvě varianty umístěné v GNG7 byly spojeny buď s T2D-ESKD (rs4807299; P=3,21 × 10−8, základní model) nebo s all-cause ESKD (rs373971520; P=2,17 × 10− 8; APOL1-negativní model). Rs4807299 je spojen se změnami vazebného motivu TF a překrývá se s oblastmi promotoru i zesilovače (Další soubor 1: Tabulka S6). GNG7 kóduje podjednotku G proteinu Gamma 7, která se podílí na funkci centrálního nervového systému [25] a riziku rakoviny [26, 27].
Vzhledem k tomu, že Afroameričané s diabetem a proteinurií často nedostanou diagnostickou biopsii ledvin, obvykle se předpokládá, že jejich ESKD byla způsobena DKD. Nicméně APOL1-souvisí s nediabetikyledvinachorobamůže být pravou příčinou onemocnění ledvin u mnoha takových pacientů. Analýzy vylučující nositele genotypu s renálním rizikem APOL1 vytvořily homogennější skupinu případů a poskytly příležitost odhalit genetickou architekturu T2D-ESKD, která je nezávislá na účinku APOL1. V negativním modelu APOL1-se kromě replikace ENPP7 identifikované v základním modelu objevily dva nové lokusy
dosáhla celogenomově významné asociace s T2D ESKD: GRAMD3 (rs75029938; P=2,02 × 10−9) a MGA T4C (rs17577888; P=3,87 × 10−8). Funkční anotace naznačuje, že obě varianty jsou umístěny společně s TF vazebnými motivy. Rs75029938 může spadat do oblastí zesilovače a promotoru a rs17577888 byl spojován s množstvím transkriptů genu FLVCR1 v monocytech periferní krve (P=6,41 × 10−6; Další soubor 1: Tabulka S6). Genetická variace v GRAMD3 byla spojena s adipozitou v metaanalýze multietnického genomu [28]. Předchozí studie naznačují, že obezita je hlavním rizikovým faktorem DKD [29]. MGAT4C kóduje mannosyl (alfa-1,3-)-glykoprotein beta-1,4-N-acetylglukosaminyltransferázu, isozym C, který se podílí na přenosu N-acetylglukosaminu (GlcNAc) k jádrovým manosovým zbytkům N-vázaných glykanů. Potenciální zapojení MGAT4C do DKD vyžaduje další studium.
Tato analýza zahrnovala kohortu AA s nediabetickou ESKD pro hodnocení generalizovatelnosti lokusů spojených s T2D-ESKD u běžných forem CKD. Metaanalýza kombinující případy s T2D-ESKD a nediabetickou ESKD identifikovala kromě APOL1 dva nové významné lokusy v celém genomu spojené s ESKD ze všech příčin; rs77113398 blízko EFNB2 (P=9,84 × 10−9; základní model) a rs373971520 v GNG7 (2,17 × 10−8; APOL1-negativní model). Rs77113398 se překrývá s enhancerem, oblastmi promotoru a píky DNázy (Dodatečný soubor 1: Tabulka S6). Předchozí skenování genomu v AA identifikovalo významné důkazy o vazbě na ESKD na chromozomu 13q33 včetně oblasti EFNB2 u diabetické ESKD i nediabetické ESKD [30, 31]. Následná studie zkoumala 28 variant značení o velikosti 39 kilobází (kb) kódující oblasti EFNB2 prokázala nominální asociace mezi dvěma variantami a ESKD ze všech příčin [32]. Tyto hlášené varianty však nebyly v korelaci s rs77113398. Ephrin-B2 (EFNB2) je exprimován ve vyvíjejícím se nefronu; interakce mezi efrinem-B2 a jeho receptory hrají důležitou roli v glomerulárním mikrovaskulárním uspořádání [33]. Kromě toho reverzní signalizace efrinu-B2 chrání před řídnutím peritubulárních kapilár regulací angiogeneze a vaskulární stability běhemledvinazranění[34]. Ephrin-B1 se také ko-lokalizuje s CD2-asociovaným proteinem (CD2AP) a nefrinem na štěrbinové diafragmě podocytů a hraje důležitou roli při udržování bariérové funkce na štěrbinové diafragmě [35]. U transgenních myší s kinázou receptoru Ephrin B4 se rozvine glomerulopatie, která se projevuje fúzí aferentních a eferentních arteriol obcházejících glomeruly [36]. Několik linií důkazů tedy podporuje potenciální asociaci EFNB2 s CKD a je to nejslibnější kauzální gen, který je základem asociace rs77113398.
Tato studie má své silné a slabé stránky. Přestože návrh vícestupňové studie byl dobře vybavený včetně 15 075 AA, postrádal replikaci asociací T2D-ESKD, zejména u vzácných variant. Kromě toho několik významných signálů v celém genomu vykazovalo významně odlišné velikosti účinku napříč stádii, což bylo pravděpodobně způsobeno rozdíly ve velikosti vzorku napříč stádii a důsledkem „prokletí vítěze“, fenoménu popisujícího, že skutečná velikost genetického účinku je nadhodnocena kvůli prvotní pozitivní nález. K potvrzení těchto zjištění je zapotřebí budoucí replikace. Existuje několik dalších existujících sbírek s vhodnými vzorky v AA; toto omezené replikační úsilí. Navíc je obtížné vyloučit všechny jedince špatně klasifikované s DKD kvůli častému nedostatku biopsií ledvin. Proto jsme pečlivě vyloučili vzorky s ESKD přisuzovanou nediabetické etiologii na základě klinických fenotypů a následně jsme vyloučili nositele genotypu s renálním rizikem APOL1 s vysokým rizikem pro nediabetickou ESKD. To by mělo minimalizovat chybnou klasifikaci.
Závěr
Závěrem lze říci, že GWAS byl proveden v AA s T2D-ESKD a sedm genetických lokusů vykazovalo významný důkaz asociace v celém genomu, včetně RND3/RBM43, SLITRK3, ENPP7, GNG7, APOL1, GRAMD3 a MGAT4C. Kromě APOL1 byly EFNB2 a GNG7 také spojeny s nediabetickou ESKD a odhalily významnou asociaci v celém genomu s ESKD ze všech příčin. Budoucí výzkumy včetně genetické replikace a experimentální validace těchto nově identifikovaných asociací jsou nutné k posouzení jejich potenciálních dopadů na biologické procesy vedoucí k pokročilé DKD v populacích s nedávným africkým původem.
Metody
Účastníci studie
Účastníci studie byli rekrutováni lékařskou fakultou Wake Forest School of Medicine (WFSM; N=8052), Family Investigation of Nephropathy and Diabetes (FIND; N=926), Jack son Heart Study (JHS; N {{2 }}), Studie rizika aterosklerózy v komunitách (ARIC; N=2221), Vývoj rizika koronárních tepen u mladých dospělých (CARDIA; N=912) a Multietnická studie aterosklerózy (MESA; N { {6}}). Analýzy byly schváleny místními institucionálními kontrolními radami a všichni účastníci poskytli písemný informovaný souhlas. Případy byly považovány za případy s T2D-ESKD, včetně těžké DKD, kdy byl diabetes diagnostikován 5 let nebo rovných 5 let před nástupem ESKD nebo s diabetickou retinopatií k zajištění adekvátního trvání T2D, s terapií náhrady ledvin, odhadovanou glomerulární filtrací ( eGFR) Méně než nebo rovno 30 ml/min/1,73 m2 (CKD4) nebo poměr albuminu ke kreatininu v moči (UACR) Vyšší nebo rovný 300 mg/g (makroalbuminurie). Účastníci s CKD4 nebo makroalbuminurií (N=138) byli zahrnuti jako případy vzhledem k jejich vysokému riziku rozvoje ESKD. T2D byl diagnostikován podle kritérií American Diabetes Association s glykémií nalačno vyšší nebo rovnou 126 mg/dl, 2-h orální glukózový toleranční test glukózy vyšší nebo rovný 200 mg/dl, náhodná glukóza vyšší než nebo 200 mg/dl, užívání léků na cukrovku nebo cukrovka diagnostikovaná lékařem. Případy s nediabetickou ESKD neměly diabetes (nebo měly T2D po dobu < 5="" let)="" na="" začátku="" renální="" substituční="" terapie="" a="" eskd="" byla="" připisována="" chronickému="" glomerulárnímu="" onemocnění="" (např.="" fokální="" segmentální="" glomeruloskleróza),="" nefropatii="" související="" s="" hiv,="" hypertenzi="" nebo="" neznámé="" způsobit.="" pacienti="" s="" eskd="" z="" chirurgických="" nebo="" urologických="" příčin,="">nemoc ledvinautoimunitní onemocnění, hepatitida, IgA nefropatie, membranózní glomerulonefritida, membranoproliferativní glomerulonefritida nebo monogenníledvinanemocíbyli vyloučeni. Nediabetické non-nefropatické kontroly zahrnovaly účastníky bez diabetu respledvina choroba(eGFR větší nebo rovno 60 ml/min/1,73 m2 a UACR < 30="" mg/g).="" jedinci="" s="" nefropatií="" postrádající="" t2d="" měli="" egfr="" větší="" nebo="" rovnou="" 60="" ml/min/1,73="" m2="" a="" uacr="">< 30="">
Příprava vzorků, genotypizace, imputace a kontrola kvality
Účastníci studie byli genotypizováni v celém genomu pomocí tří různých platforem: (1) 8704 vzorků získaných z WFSM, ARIC, CARDIA, JHS, MESA a FIND bylo genotypováno na lidském jednonukleotidovém polymorfismu v celém genomu Affymetrix (SNP) pole 6.0 (Affy6.0); (2) 3133 vzorků získaných z WFSM bylo genotypováno na Affymetrix Axiom Biobank Genotyping Array (Axiom); a (3) 3238 vzorků získaných z WFSM bylo genotypováno na Illumina Multi-Ethnic Genotyping Array (MEGA). Kontrola kvality a imputace byly prováděny odděleně každou genotypizační platformou, jak je popsáno níže.
Varianty, které prošly kontrolou kvality (QC), byly připsány do kombinovaného haplotypového referenčního panelu včetně 1000 genomů fáze 3 kosmopolitního referenčního panelu (verze z října 2014) [37] a verze referenčního panelu African Genome Variation Project (AGVP) včetně 640 Haplotypy afrických předků, které laskavě poskytlo Africké partnerství proVýzkum chronických nemocía Wellcome Trust Sanger Institute [38]. Předfázování bylo provedeno pomocí SHAPEIT2 [39] a imputace byla provedena pomocí IMPUTE2 [40]. Postimputační kontrola kvality byla provedena za účelem vyloučení variant s neshodou alel nebo s velkým frekvenčním nesouladem (Větší nebo rovno 0,2) s referenčním panelem (0,2 × frekvence v EUR plus {{ 13}},8 × frekvence v AFR) a imputační informační skóre < 0,4.="" podskupina="" vzorků="" byla="" přímo="" genotypována="" pro="" varianty="" apol1="" g1="" a="" g2="" pomocí="" sequenom="" (sequenom,="" san="" diego,="" ca).="" shoda="" byla="" 95="" procent="" s="" imputovanými="">
Affy6.0 datové sady
Jak bylo popsáno dříve [41], pomocí Affy6 bylo genotypováno 1513 případů T2D-ESKD, 5299 nediabetických kontrol bez nefropatie a 1892 kontrol bez nefropatie T2D z kohort WFSM, FIND, JHS, ARIC, CARDIA a MESA.{{{{{101} 11}} (tabulka 1). V každé studii byla použita standardní opatření kontroly kvality k vyloučení variant s četností hovorů < 95="" procent="" ,="" frekvencí="" vedlejších="" alel="" (maf)="">< 0.01="" nebo="" vykazující="" odchylku="" od="" hardy-weinbergovy="" rovnováhy="" (hwe)="" (p="">< 0,0001).="" kontrola="" kontroly="" vzorku="" byla="" provedena="" k="" vyloučení="" subjektů="" s="" četností="" hovorů="">< 95="" procent,="" kontaminací="" dna,="" duplikáty="" nebo="" populačními="" odlehlými="" hodnotami.="" vzhledem="" k="" tomu,="" že="" cardia,="" jhs="" a="" mesa="" postrádaly="" případy="" s="" t2d-eskd,="" byly="" vzorky="" z="" těchto="" studií="" kombinovány="" pro="" imputační="" a="" asociační="" analýzy="" spolu="" s="" wfsm,="" find="" a="">
Datová sada Axiom
Na WFSM bylo 1700 případů AA s T2D-ESKD, 770 kontrol AA bez diabetu nebo nefropatie a 663 kontrol AA s T2D, kteří postrádali nefropatii, genotypováno na přizpůsobeném genotypizačním poli Axiom (tabulka 2). Podrobné informace o variantách, vlastní design obsahu, včetně jemného mapování kandidátských oblastí, metody genotypizace a kontrola kvality byly dříve hlášeny [42]. Stručně řečeno, toto pole zahrnovalo přibližně 264 000 kódujících variant a inzercí/delecí (indely), 70 000 variant se ztrátou funkce, 2 000 farmakogenomických variant, 23 000 eQTL markerů, 246 000 markerů genomových značek založených na multietnické populaci a 115 000 vlastních značky obsahu. Vyloučeny byly varianty se sazbou hovorů < 95="" procent,="" odchod="" z="" hwe="" (p="">< 0,0001)="" a="" monomorfní="" varianty.="" celkem="" bylo="" úspěšně="" zavoláno="" 724="" 530="" variant="" pro="" následnou="" kontrolu="" kvality,="" imputaci="" a="" analýzy.="" ukázka="" kontroly="" kvality="" byla="" provedena="" za="" účelem="" vyloučení="" jedinců="" s="" nízkými="" sazbami="" hovorů="">< 95%),="" gender="" discordance,="" dna="" contamination,="" duplication,="" or="" population="">
MEGA datový soubor
Na WFSM bylo genotypováno na MEGA poli 1910 nediabetických případů ESKD, 219 případů T2D ESKD, 201 kontroly s T2D bez nefropatie a 908 nediabetických kontrol bez nefropatie (tabulka 2). Toto pole bylo navrženo pro zlepšení jemného mapování a funkčního objevování zvýšením pokrytí variant napříč různými etniky. Pole zahrnuje (1) obsah páteře obsahující vysoce informativní varianty pro GWAS a analýzy exome v populacích s odlišnými předky a (2) vlastní obsah používaný k replikaci nebo zobecnění indexových asociací GWAS, rozšíření variant značek GWAS v prioritních oblastech, vylepšení obsahu exome v prioritních oblastech. , jemně zmapovat lokusy GWAS, identifikovat funkční regulační varianty, prozkoumat medicínsky důležité varianty a identifikovat nové variantní lokusy v kandidátských drahách [43]. Genotypizace byla provedena na WFSM. DNA z případů a kontrol byla rovnoměrně proložena na 96-jamkové destičky, aby se minimalizovaly artefakty při zpracování vzorku. Celkem 48 vzorků sekvenovaných v rámci projektu 1000 Genomes Project [44] v Coriell Institute for Medical Research bylo zahrnuto do genotypizace a jejich míra shody byla 98,57 procenta. Volání genotypu bylo provedeno pomocí Genome Studio (Illumina, CA, USA). Byly odstraněny varianty s chybějící pozicí, chybějící alelou, nesouladem alel, četností hovorů < 95="" procent,="" odklonem="" od="" hwe="" (p="">< 0,0001),="" frekvenčním="" rozdílem=""> 0,2 ve srovnání s referenčním panelem 1000 Genome Project fáze 3 a monomorfními variantami. Bylo porovnáno několik sad sond a zachována byla pouze ta s nejvyšší frekvencí hovorů. Celkem bylo úspěšně zavoláno 1 705 970 variant pro následnou kontrolu kvality, imputaci a analýzy. Ukázka kontroly kvality byla provedena za účelem vyloučení jedinců s nízkou mírou hovorů (< 95%),="" gender="" discordance,="" dna="" contamination,="" duplication,="" or="" population="" outliers.="" dna="" swapping="" was="" identified="" and="">
Statistická analýza
Fáze objevování
Použili jsme vícestupňový design studie k identifikaci variant spojených s T2D-ESKD a jejich potenciální role v ESKD ze všech příčin. Ve fázi objevu bylo zahrnuto 3 432 případů T2D-ESKD a 6 977 nediabetických kontrol bez nefropatie ze všech tří souborů dat (obr. 1). Asociační analýza byla provedena pro každý soubor dat pomocí metody logistického smíšeného modelu implementované v programu GMMAT [45] pod aditivním genetickým modelem. Tato metoda kontroluje strukturu populace a kryptickou příbuznost zahrnutím matice genetických vztahů (GRM) odhadnuté ze sady vysoce kvalitních autozomálních variant jako náhodný efekt. Analýza hlavních komponent byla provedena pomocí EIGENSOFT [46] pro každou genotypizační platformu. První vlastní vektor (PC1) spolu s věkem a pohlavím byl použit jako kovariáty. Ve třech souborech dat byla provedena metaanalýza pomocí metody vážení inverzního rozptylu s fixním efektem implementované v METAL [47]. Pro analýzu diskriminace byly vybrány sugestivní asociace pro T2D-ESKD s P < 1="" ×="" 10−5,="" počtem="" minoritních="" alel="" (mac)=""> 400 a heterogenitou I2 <>
Fáze diskriminace
Aby se určilo, zda domnělé lokusy spojené s T2D-ESKD ve fázi objevu byly řízeny asociacemi s T2D per se, metaanalýza kombinující 2756 AA s nefropatií postrádající T2D a 6977 nediabetických kontrol bez nefropatie ze tří souborů dat (Affy6 .0, Axiom a MEGA) (fáze 3, obr. 1). Varianty vykazující nominální asociaci (P < 0.05)="" s="" t2d="" byly="" vyloučeny,="" aby="" se="" odstranily="" varianty="" asociované="" s="">
Analýza rozšíření nediabetické ESKD a metaanalýza ESKD ze všech příčin
Genetické varianty vykazující sugestivní asociaci s T2D-ESKD (P < 1 × 10−5), ale nesouvisející s T2D, byly zkoumány v nediabetické kohortě ESKD zahrnující 1910 nediabetických případů ESKD a 908 nediabetických nenefropatií. WFSM-MEGA datový soubor pro spojení s nediabetickou etiologiínemoc ledvin(fáze 4). Varianty vykazující nominální asociaci (P < 0.05)="" byly="" testovány="" v="" metaanalýze="" eskd="" ze="" všech="" příčin="" pomocí="" všech="" t2d-eskd,="" nediabetických="" eskd="" a="" kontrol="" ze="" tří="" souborů="" dat="" (="" n="12,319," affy6.0,="" axiom,="" mega)="" (obr.="" 1).="" tato="" metaanalýza="" hodnotila,="" zda="" asociace="" t2d-eskd="" přispěly="" k="" riziku="" eskd="" ze="" všech="" příčin.="" také="" jsme="" hledali="" naše="" nejlepší="" varianty="" spojené="" s="" onemocněním="" ledvin="" pro="" domnělou="" souvislost="" s="" t2d="" u="" aa="" od="" konsorcia="" media="" (n="15" 043="" případů="" a="" 22="" 318="" kontrol);="" snp="" s="" p="">< 0,05="" po="" více="" korekcích="" srovnání="" byly="">
Vyloučení nositelů rizikového genotypu APOL1
Alely APOL1 G1 a G2 přispívají k riziku pronediabetické onemocnění ledvin[6, 48]. Aby se minimalizovala chybná klasifikace T2D-ESKD, byla provedena druhá analýza s vyloučením přenašečů APOL1 se dvěma variantami s renálním rizikem a těch s chybějícími genotypy APOL1 z případů T2D ESKD a nediabetických kontrol bez nefropatie (APOL1-negativní model ). Tato analýza snížila heterogenitu populace navzdory zmenšení velikosti vzorku a nižší statistické síle. Konkrétně 308 případů T2D-ESKD a 630 kontrol z datových sad Affy6.0, 323 případů T2D-ESKD a 113 kontrol z datové sady Axiom a 33 případů T2D-ESKD a 175 kontrol z datové sady MEGA byly odstraněny. Kromě toho jsme odstranili 891 z 1910 případů ESKD ze všech příčin. Tato analýza může odhalit účinky jiných nediabetických lokusů ESKD mimo APOL1. Jedinci byli považováni za nositele varianty s renálním rizikem APOL1, pokud nesli dvě alely G1 (alela rs60910145 G, alela rs73885319 G), dvě alely G2 (rs143830837, delece 6 párů bází v rámci) nebo byli složenými heterozygoty (jedna G1 a jedna alela G2) [6].
Funkční charakteristika
Proxy genomově významných variant spojených s T2D-ESKD (r2 Větší nebo rovno 0,7 z 1000 genomů AFR populace) ze základní linie a APOL1-negativních modelů byly vybrány pomocí LDlink [49 ]. Hlavní varianty a proxy byly poté dotazovány na funkční anotace z HaploReg [50], které zahrnovaly anotaci stavu chromatinu a proteinové vazby z projektů Roadmap Epigenomics [51] a ENCODE [52], konzervaci sekvencí napříč savci, vliv variant na regulační motivy a genová exprese ze studií QTL.
Cistanche deserticola zabraňuje onemocnění ledvin, kliknutím sem získáte vzorek
Reference
1. United States Renal Data System. Výroční zpráva USRDS za rok 2016: Epidemiologie onemocnění ledvin ve Spojených státech. National Institutes of Health, National Institute of Diabetes and Disgestive and Kidney Diseases, Bethesda, MD, 2016.
2. de Boer IH, Rue TC, Hall YN a kol. Časové trendy v prevalenci diabetického onemocnění ledvin ve Spojených státech. JAMA. 2011;305:2532–9.
3. Sprej BJ, Atassi NG, Tuttle AB a kol. Rodinné riziko, věk při nástupu a příčina konečného stádia onemocnění ledvin u bílých Američanů. J Am Soc Nephrol. 1995;5: 1806–10.
4. Freedman BI, Tuttle AB, Spray BJ. Familiární predispozice k nefropatii u Afroameričanů s non-insulin-dependentním diabetes mellitus. Am J Kidney Dis. 1995;25:710–3.
5. Tzur S, Rosset S, Shemer R, a kol. Missense mutace v APOL1. Hum Genet. 2010;128:345–50.
6. Genovese G, Friedman DJ, Ross MD a kol. Asociace trypanolytických variant ApoL1 s onemocněním ledvin u Afroameričanů. Věda. 2010;329:841–5.
7. Kopp JB, Nelson GW, Sampath K a kol. Genetické varianty APOL1 u fokální segmentální glomerulosklerózy a nefropatie spojené s HIV. JASON. 2011; 22:2129–37.
8. Kottgen A, Pattaro C, Boger CA, et al. Mnoho nových lokusů spojených s funkcí ledvin a chronickým onemocněním ledvin: konsorcium CKDGen. Nat Genet. 2010;42:376–84.
9. Pattaro C, Kottgen A, Teumer A, et al. Celogenomová asociace a funkční sledování odhaluje nová lokusy pro funkci ledvin. PLoS Genet; 8. Epub před tiskem v březnu 2012. https://doi.org/10.1371/journal.pgen. 1002584.
10. Pattaro C, Teumer A, Gorski M, et al. Genetické asociace na 53 lokusech zdůrazňují buněčné typy a biologické dráhy relevantní pro funkci ledvin. Nat Commun. 2016;7:10023.
11. Cín A, Colantuoni E, Boerwinkle E, et al. Použití více měření pro kvantitativní analýzy asociace vlastností: aplikace na odhadovanou rychlost glomerulární filtrace (eGFR). J Hum Genet. 2013;58:461–6.
12. Maeda S. Genomové hledání genu náchylnosti k diabetické nefropatii pomocí genu založeného SNP. Diabetes Res Clin Pract. 2004;66:S45–7.
13. Pezzolesi MG, Poznnik GD, Mychaleckyj JC, et al. Genomové asociační skenování genů náchylnosti k diabetické nefropatii u diabetu 1. typu. Diabetes. 2009;58:1403–10.
14. McDonough CW, Palmer ND, Hicks PJ a kol. Genomová asociační studie genů diabetické nefropatie u Afroameričanů. Kidney Int. 2011;79:563–72.
15. Sandholm N, Salem RM, McKnight AJ a kol. Nové lokusy náchylnosti spojené s onemocněním ledvin u diabetu 1. typu. PLoS Genet. 8. Epub před tiskem září 2012. https://doi.org/10.1371/journal.pgen. 1002921.
16. Sandholm N, Zuydam NV, Ahlqvist E, et al. Genetická krajina renálních komplikací u diabetu 1. typu. JASN. 2017;28:557–74.
17. Iyengar SK, Sedor JR, Freedman BI a kol. Celogenomová asociace a transetnická metaanalýza pro pokročilé diabetické onemocnění ledvin: Rodinné vyšetřování nefropatie a diabetu (FIND). PLoS Genet. 2015;11:e1005352.
18. Mahajan A, Rodan AR, Le TH a kol. Trans-etnické jemné mapování zdůrazňuje geny funkce ledvin spojené s citlivostí na sůl. Am J Hum Genet. 2016;99:636–46.
19. Tayo BO, Kramer H, Salako BL a kol. Genetická variace v genech APOL1 a MYH9 je u Nigerijců spojena s chronickým onemocněním ledvin. Int Urol Nephrol. 2013;45:485–94.
20. Palmer ND, McDonough CW, Hicks PJ a kol. Celogenomové asociační hledání genů diabetu 2. typu u Afroameričanů. PLoS One. 2012; 7:e29202.
21. Zhang P, Chen Y, Cheng Y a kol. Alkalická sfingomyelináza (NPP7) podporuje absorpci cholesterolu ovlivněním hladin sfingomyelinu ve střevě: studie s NPP7 knockout myší. Am J Physiol Gastrointest Fyziol jater. 2014;306:G903–8.
22. Chang YH, Chang DM, Lin KC, et al. Lipoproteinový cholesterol s vysokou hustotou a riziko nefropatie u pacientů s diabetem 2. Nutr Metab Cardiovasc Dis. 2013;23:751–7.
23. Williams AN, Conway BN. Vliv lipoproteinového cholesterolu s vysokou hustotou na vztah sérového železa a hemoglobinu s funkcí ledvin u diabetu. J Diabetes Complicat Epub před tiskem 29. března 2017.
24. Ceriello A, De Cosmo S, Rossi MC, a kol. Variabilita HbA1c, krevního tlaku, lipidových parametrů a sérové kyseliny močové a riziko rozvoje chronického onemocnění ledvin u diabetu 2. typu. Diabetes Obes Metab Epub před tiskem 21. dubna 2017.
25. Schwindinger WF, Betz KS, Giger KE a kol. Ztráta G proteinu gama 7 mění chování a snižuje hladinu striatálního alfa(olfa) a produkci cAMP. J Biol Chem. 2003;278:6575–9.
26. Ohta M, Mimori K, Fukuyoshi Y, et al. Klinický význam snížené exprese G proteinu gama 7 (GNG7) u karcinomu jícnu. Br J Cancer. 2008;98:410–7.
27. Demokan S, Chuang AY, Chang X, a kol. Identifikace proteinu vázajícího guanin nukleotid -7 jako epigeneticky umlčeného genu u rakoviny hlavy a krku pomocí profilování genové exprese. Int J Oncol. 2013;42:1427–36.
28. Chu AY, Deng X, Fisher VA a kol. Metaanalýza ektopických tukových zásob v rámci multietnického genomu identifikuje lokusy spojené s vývojem a diferenciací adipocytů. Nat Genet. 2017;49:125–30.
29. Zoppini G, Targher G, Chonchol M, et al. Prediktory odhadovaného poklesu GFR u pacientů s diabetem 2. typu a zachovanou funkcí ledvin. CJASN. 2012;7:401–8.
30. Bowden DW, Colicigno CJ, Langefeld CD, et al. Genomový sken pro diabetickou nefropatii u Afroameričanů. Kidney Int. 2004;66:1517–26.
31. Freedman BI, Bowden DW, Rich SS a kol. Sken genomu pro konečné stádium renálního onemocnění ze všech příčin u Afroameričanů. Transplantace nefrolového číselníku. 2005;20:712–8.
32. Hicks PJ, Staten JL, Palmer ND a kol. Asociační analýza genu ephrin-B2 u Afroameričanů s terminálním onemocněním ledvin. Am J Nephrol. 2008;28:914–20.
33. Takahashi T, Takahashi K, Gerety S, et al. Dočasně kompartmentalizovaná exprese efrinu-B2 během renálního glomerulárního vývoje. JASN. 2001; 12:2673–82.
34. Kida Y, Ieronimakis N, Schrimpf C, a kol. Reverzní signalizace EphrinB2 chrání před řídnutím kapilár a fibrózou po poranění ledvin. J Am Soc Nephrol. 2013;24:559–72.
35. Hashimoto T, Karasawa T, Saito A, et al. Ephrin-B1 se lokalizuje ve štěrbinové diafragmě glomerulárního podocytu. Kidney Int. 2007;72:954–64.
36. Andres AC, Munarini N, Djonov V, et al. U transgenních myší s tyrosinkinázou receptoru EphB4 se vyvinou glomerulopatie připomínající glomerulární vaskulární zkraty. Mech Dev. 2003;120:511–6.
37. Konsorcium projektu 1000 genomů. Globální reference pro lidské genetické variace. Příroda. 2015;526:68–74.
38. Gurdasani D, Carstensen T, Tekola-Ayele F, et al. Projekt afrických variací genomu formuje lékařskou genetiku v Africe. Příroda. 2015;517:327–32.
39. Delaneau O, Marchini J, Zagury JF. Metoda fázování lineární složitosti pro tisíce genomů. Metody Nat. 2011;9:179–81.
40. Marchini J, Howie B, Myers S, a kol. Nová vícebodová metoda pro celogenomové asociační studie imputací genotypů. Nat Genet. 2007;39:906–13.
41. Ng MCY, Saxena R, Li J, et al. Přenositelnost a jemné mapování lokusů diabetu 2. typu u Afroameričanů: The Candidate Gene Association Resource Plus Study. Diabetes. 2013;62:965–76.
42. Guan M, Ma J, Keaton JM, et al. Asociace genových variant souvisejících se strukturou ledvin s diabetem typu 2 připisovaným konečným stádiem onemocnění ledvin u Afroameričanů. Hum Genet. 2016;135:1251–62.
43. Bien SA, Wojcik GL, Zubair N, et al. Strategie pro obohacení pokrytí variant v kandidátních lokusech onemocnění na multietnickém genotypizačním poli. PLoS One. 2016;11:e0167758.
44. Konsorcium projektu 1000 genomů. Mapa variací lidského genomu ze sekvenování v populačním měřítku. Příroda. 2010;467:1061–73.
45. Chen H, Wang C, Conomos MP a kol. kontrola struktury populace a příbuznosti pro binární znaky ve studiích genetické asociace prostřednictvím logistických smíšených modelů. Am J Hum Genet. 2016;98:653–66.
46. Patterson N, Price AL, Reich D. Struktura populace a vlastní analýza. PLoS Genet. 2006;2:e190.
47. Willer CJ, Li Y, Abecasis GR. METAL: rychlá a účinná metaanalýza celogenomových asociačních skenů. Bioinformatika. 2010;26:2190–1.
48. Freedman BI, Langefeld CD, Lu L a kol. Diferenciální účinky rizikových variant MYH9 a APOL1 na asociaci FRMD3 s diabetickým ESRD u Afroameričanů. PLoS Genet. 2011;7:e1002150.
49. Machiela MJ, Chanock SJ. LDlink: webová aplikace pro zkoumání populačně specifické haplotypové struktury a spojování korelovaných alel možných funkčních variant. Bioinformatika. 2015;31:3555–7.
50. Ward LD, Kellis M. HaploReg: zdroj pro zkoumání stavů chromatinu, konzervace a změny regulačních motivů v rámci souborů geneticky spojených variant. Nucleic Acids Res. 2012;40:D930–4.
51. Plán Epigenomics Consortium. Kundaje a, Meuleman W, a kol. integrativní analýza 111 referenčních lidských epigenomů. Příroda. 2015;518:317–30.
52. Konsorcium projektu ENCODE. Integrovaná encyklopedie prvků DNA v lidském genomu. Příroda. 2012;489:57–74.