Diverzita a evoluce výpočetně predikovaných T buněčných epitopů proti lidskému respiračnímu syncyciálnímu viru

Abstraktní

Lidský respirační syncyciální virus (RSV) je hlavní příčinou infekcí dolních cest dýchacích. Přes více než 60 let výzkumu neexistuje žádná licencovaná vakcína. Zatímco odpověď B buněk je hlavním cílem návrhu vakcíny, profil epitopu T buněk RSV je také důležitý pro vývoj vakcíny. Zde jsme výpočtově předpověděli domnělé T buněčné epitopy ve fúzním proteinu (F) a glykoproteinu (G) divokých cirkulujících kmenů RSV pomocí předpovědi vazebné afinity hlavního histokompatibilního komplexu (MHC) třídy I a třídy II. Naše závěry jsme omezili na konzervované epitopy v F i G proteinech, které byly experimentálně ověřeny. Použili jsme multidimenzionální škálování (MDS) ke konstrukci krajiny epitopů T buněk, abychom prozkoumali rozmanitost a vývoj profilů T buněk napříč různými kmeny RSV. Zjistili jsme, že kmeny RSV jsou seskupeny do tří skupin RSV-A a dvou skupin RSV-B na tomto T epitopovém kraji. Tyto shluky představují odlišné kmeny RSV s potenciálně odlišnými imunogenními profily. Kromě toho naše výsledky ukazují větší podíl zachování obsahu epitopu T lymfocytů F proteinu mezi nedávnými epidemickými kmeny, zatímco obsah epitopu T lymfocytů G proteinu byl snížen. Důležité je, že naše výsledky naznačují, že RSV-A a RSV-B mají různé vzorce posunu a nahrazení epitopu a že vakcíny RSV-B mohou vyžadovat častější aktualizace. Naše studie poskytuje nový rámec pro studium evoluce epitopu T buněk RSV. Pochopení vzorců konzervace a změny epitopu T buněk může být cenné pro návrh a hodnocení vakcíny.

Výhody cistanche tubulosa- posílení imunitního systému

Shrnutí autora

Infekce dolních cest dýchacích způsobené lidským respiračním syncyciálním virem (RSV) jsou globální zdravotní výzvou. Imunitní odpověď epitopu B buněk byla hlavním cílem RSV vakcíny a terapeutického vývoje. Imunita vyvolaná T buněčným epitopem však hraje důležitou roli při řešení infekce RSV. Zatímco genetická diverzita RSV byla široce popsána, jen málo studií se zaměřuje na diverzitu T buněčných epitopů RSV, která může ovlivnit účinnost vakcíny. Zde používáme výpočtově predikované profily T buněčných epitopů cirkulujících kmenů k charakterizaci diverzity a evoluce T buněčných epitopů RSV A a B. Systematicky hodnotíme profil T buněčných epitopů RSV F a G proteinů. Poskytujeme vizualizaci krajiny epitopu T buněk, která ukazuje společnou cirkulaci tří skupin RSV-A a dvou skupin RSV-B, což naznačuje potenciálně odlišnou imunitu T buněk. Kromě toho naše studie ukazuje různé úrovně zachování obsahu epitopu T buněk F a G proteinu, což může být důležité pro korelaci s délkou ochrany vakcínou. Tato studie poskytuje nový rámec pro studium evoluce epitopu T lymfocytů RSV, odvození imunity T lymfocytů RSV na populačních úrovních a sledování účinnosti vakcíny RSV.

Úvod

Lidský respirační syncyciální virus (RSV) je RNA virus s negativním vláknem, který je klasifikován vOrtopneumovirusrodu čelediČeleď Pneumoviridae. Je hlavní příčinou onemocnění dolních cest dýchacích u malých kojenců, imunokompromitovaných jedinců a starších lidí, což má za následek každoroční epidemie po celém světě [1]. Jednovláknový RNA genom RSV má přibližně 15,2 kb a kóduje 11 virových proteinů [2]. Fúzní (F) a glykoproteinové (G) proteiny jsou dva hlavní povrchové proteiny [3]. F protein je obecně považován za konzervovaný, a proto je středem zájmu většiny současných návrhů RSV vakcín. Ačkoli je G protein vysoce variabilní, jeho příspěvek k patogenezi onemocnění a jeho role v biologii infekce naznačují, že může být také účinným antigenem RSV vakcíny [4]. Navzdory značné zátěži infekcí RSV na celém světě neexistuje žádná licencovaná vakcína. Jedinou schválenou intervencí je pasivní imunoprofylaxe palivizumabem, které je dosaženo podáváním monoklonální protilátky (mAb) vysoce omezené skupině kojenců mladších 24 měsíců a léčba se musí opakovat měsíčně během sezóny RSV vzhledem k relativně krátký poločas protilátky [5,6]. Vzhledem k vysokým nákladům na léčbu monoklonálními protilátkami je tato intervence omezena na vysoce rizikové kojence a v rozvojových zemích je obecně nedostupná. Vakcína proti RSV je naléhavou globální prioritou zdravotní péče a je pravděpodobné, že pro různé vysoce rizikové skupiny jsou zapotřebí různé strategie.

cistanche výhody-posilují imunitní systém

Na vývoji vakcíny proti RSV pracovala řada výzkumných týmů od její izolace a charakterizace v roce 1956 [7,8]. Vakcinace vakcínou RSV s inaktivovaným formalínem a sráženým kamencem (FI-RSV) u kojenců a malých dětí dosud neléčených RSV však vedlo k rozvoji onemocnění vylepšeného vakcínou (VED), které brzdilo vývoj vakcíny na celá desetiletí [9] ]. Pro vysvětlení tohoto nežádoucího výsledku bylo provedeno mnoho studií. Je pravděpodobné, že fixace formalinu vedla k vakcíně, která většinou vykazovala postfúzní konformaci RSV F proteinu, což vedlo k nadbytku neneutralizujících protilátek a tvorbě imunitních komplexů [10–12]. Jiné studie ukázaly, že zhoršená odpověď T buněk s vychýlením Th2 [13,14], stejně jako ukládání komplementu v plicích, přispěly ke zvýšenému náboru neutrofilů [12]. Nedávný vývoj, včetně rozlišení proteinu F [15] a vývoje modelů hlodavců RSV [16], přispěl k řadě kandidátů na vakcíny s novými designy a formulacemi, které jsou v současnosti v klinických studiích [3,17,18]. Zatímco většina současných strategií vakcinace proti RSV se zaměřuje na neutralizační imunitní odpověď vyvolanou B-buňkami, T-buněčná imunita také hraje hlavní roli při řešení virové infekce a je nezbytná pro vývoj vakcíny proti RSV [17,18]. Jakmile je zavedena infekce RSV dolních dýchacích cest, CD8 T buňky hrají důležitou roli při odstraňování virů a CD4 pomocné T buňky mohou organizovat buněčné imunitní reakce a stimulovat B buňky k produkci protilátek. Th2-zkreslené odpovědi však byly spojeny se zvířecími modely RSV VED a měření odpovědí Th1 a Th2 je považováno za důležité pro predikci bezpečnosti kandidátů na vakcínu [12]. Vyvolání vyvážené buněčně zprostředkované imunitní odpovědi prostřednictvím vakcinace by tedy podpořilo clearance RSV, ale je třeba postupovat opatrně, aby se zabránilo potenciálu pro imunopatologii. Souhrnně řečeno, pro vývoj vakcíny proti RSV je zapotřebí bližší prozkoumání imunity T buněk a virových sekvencí, které indukují reakce T buněk.

Lidský respirační syncyciální virus má v lidské populaci komplexní cirkulační vzorec. V rámci dvou antigenních skupin, RSV-A a RSV-B, mohou v rámci stejné komunity kocirkulovat různé genotypy, zatímco mohou vznikat nové genotypy RSV s vysokou genomickou diverzitou a potenciálně nahradit dříve dominantní genotypy [19]. V posledních letech bylo identifikováno několik jedinečných genetických modifikací v RSV, včetně 72-duplikace nukleotidů (nt) (genotyp ON) v genu RSV-A G a další s duplikací 60-nt (genotyp BA ) v RSV-B v podobné oblasti [20]. Pozorovaná genetická rozmanitost RSV vyvolala otázku, zda je nutné, aby vakcína proti RSV obsahovala několik různých kmenů, aby byla účinná. Většina současného vývoje vakcín proti RSV je založena na laboratorním kmeni RSV A2, což je chimérický kmen, který patří do podtypu A [21]. I když jsou tyto léčby slibné, existuje možnost, že virové kmeny vyvinou únikové mutace. Například kmeny rezistentní na palivizumab byly izolovány z modelů RSV hlodavců i lidí [17,22]. Několik linií důkazů také naznačuje, že antigenní variace mohou hrát roli ve schopnosti RSV uniknout imunitní odpovědi a zavedeným infekcím [23]. Zatímco vysoce konzervované T buněčné epitopy ve vakcíně RSV nemusí poskytovat úplnou ochranu proti infekci, když chybí zkřížená ochranná protilátková odpověď, vysoce konzervované T buněčné epitopy ve vakcíně mohou stále snižovat závažnost onemocnění a omezovat šíření viru. Nicméně variace aminokyselin na úrovni T buněčných epitopů a potenciální vznik nových T buněčných epitopů nedávných RSV cirkulujících kmenů byly hlášeny [24] a jsou zapotřebí další studie k ilustraci účinků aminokyselinových variací na rozpoznávání T lymfocytů. . Charakterizace profilů epitopů T buněk napříč různými kmeny je tedy velmi důležitá pro pochopení evoluce RSV a může být důležitá pro vývoj vakcíny proti RSV.

rostlina cistanche zvyšující imunitní systém

Kliknutím sem zobrazíte produkty Cistanche Enhance Immunity

【Požádejte o více】 E-mail:cindy.xue@wecistanche.com / Whats App: 0086 18599088692 / Wechat: 18599088692

V této studii využíváme imunoinformatické přístupy, které jsou implementovány v sadě nástrojů iVAX [25] k predikci epitopů T buněk v RSV napříč různými kmeny se zaměřením na dva hlavní povrchové proteiny F a G. S analýzou komplexního souboru dat jsme vyhodnotit liniově specifický T buněčný epitopový profil RSV. Vytváříme také krajiny epitopů T buněk založené na sekvencích na základě srovnání obsahu epitopů napříč různými kmeny a dále korelujeme změnu imunity T buněk RSV s evolucí viru. Byl také vypočítán podíl zkříženě konzervovaného obsahu epitopu T buněk mezi kandidátskými kmeny vakcíny, které se vyvinuly dříve, a kmeny cirkulujícími RSV s různými roky izolace a umístěním. Tyto analýzy mohou pomoci pochopit imunitu RSV T buněk napříč různými kmeny a přispět k současnému úsilí o návrh vakcíny.

Výsledek

Distribuce T buněčných epitopů v povrchových proteinech RSV

Vyhodnotili jsme imunogenní potenciál T buněk napříč povrchovými proteiny RSV skenováním 9 oblastí zbytků, abychom předpověděli pravděpodobnost vazby na molekuly MHC třídy I a třídy II (obr. 1). Hustota epitopu povrchových proteinů RSV byla hodnocena pomocí normalizovaného skóre hustoty epitopu, které se vypočítá sečtením předpokládaného skóre vazby peptid-MHC napříč proteinem a jeho normalizací s délkou proteinu. Skóre pro náhodně generované proteiny je nastaveno na nulu a vakcinační antigeny mají obecně skóre nad +20 na této škále [25]. F protein má skóre hustoty epitopu vyšší než +20 pro analýzu imunogenicity třídy I i třídy II, což ukazuje na významný imunogenní potenciál [25]. To kontrastuje s nižším skóre hustoty proteinu G proteinu třídy I a třídy II pro oba podtypy RSV. Skóre hustoty epitopu třídy I proteinu G bylo vyšší než +10 u obou podtypů, ale hustota třídy II byla nižší, než se náhodně očekávalo v analýze RSV-B (obr. 1A). Tento výsledek naznačuje, že povrchové proteiny RSV pravděpodobně mají potenciál stimulovat T buňky, které jsou nutné pro ochrannou imunitu. Poté jsme zkoumali distribuci imunogenicity T buněk napříč proteiny a zjistili jsme, že existují oblasti s relativně vysokým imunogenním potenciálem T buněk (obr. 1B). Distribuce imunogenicity T lymfocytů F proteinu byla mapována na jeho proteinovou strukturu a překryv mezi oblastmi proteinové sekvence s vysokým potenciálem imunity T lymfocytů a protilátkovými neutralizačními cíli byl pozorován v antigenním místě F a místě II.

Obr. 1. Imunogenní potenciál T buněk pro povrchové proteiny RSV na základě predikce vazby MHC

Profily liniově specifických T buněčných epitopů

Poté jsme rozšířili předpovědi T buněčných epitopů z reprezentativních kmenů RSV na více divokých cirkulujících kmenů. Distribuce a diverzita T buněčných epitopů napříč různými kmeny jsou znázorněny v tepelných mapách s odpovídajícími časově uspořádanými fylogenezemi (obr. S1 a S2). Proteiny F i G obsahují epitopy, které byly konzervovány napříč všemi kmeny RSV v téměř 100 % izolátů ve vzorcích, což naznačuje, že by mohly sloužit jako vysoce kvalitní kandidáti na epitop T buněk pro návrh vakcíny. Naproti tomu některé epitopy byly u vybraných kmenů mutovány a ty epitopy, které se vyskytovaly pouze v určitých kladech v rámci fylogeneze, mohly být interpretovány jako kladově specifické "otisky prstů".

Události duplikace G genu v RSV, což jsou jedinečné genové podpisy, mohou buď posunout pozici epitopů (umístění jsou různá, ale aminokyseliny epitopů jsou identické s izoláty G proteinu bez duplikace) nebo způsobit vznik nových epitopů. V kmenech RSV-A, které obsahují duplikaci G genu, byly nalezeny dva nové epitopy třídy I (č. 31 a č. 40 na obr. S2A). Kromě toho byl v sekvencích RSV-A, které obsahují duplikaci G genu, identifikován vznikající epitop třídy II (č. 25 na obrázku S2A), což byl posun od epitopu (č. 24), který byl pozorován u jiných kmenů. Z kmenů RSV-B, které obsahují událost duplikace G genu, jsme také pozorovali několik liniově specifických IT buněčných epitopů, které jsou způsobeny 2-delecí aminokyselin (aa) (aa157 a aa158) v těchto kmenech. z přímo kvůli události duplikace 60-nt. RSV-B G proteiny, které mají duplikační událost, obsahují více nových epitopů (č. 22, 23, 26, 28, 30, 37), ale neobsahují několik epitopů (č. 24, 25, 27, 29, 31, 38) které jsou identifikovány u jiných kmenů (obr. S2B). Abychom dále určili, zda jsou výpočtově predikované T buněčné epitopy s vysokým vazebným potenciálem MHC imunogenní, použili jsme algoritmus JanusMatrix [27] k identifikaci T buněčných epitopů, které budou pravděpodobně zkříženě konzervované s lidskými peptidy, a tudíž tolerovány imunitním systémem. . Na základě této analýzy je 6,45 % domnělých epitopů třídy I a 1,12 % domnělých epitopů třídy II hlavních povrchových proteinů RSV zkříženě konzervováno s epitopy odvozenými od lidského proteomu na zbytcích směřujících k T buněčnému receptoru (TCR). Protože tyto peptidy mají podobné preference vazby HLA, jaké jsou obsaženy v lidských proteinech (obr. S3), předpokládalo se, že nejsou imunogenní. Po vyloučení epitopů s vysokým skóre JanusMatrix identifikovaných výše jsme byli schopni identifikovat epitopy T buněk, které byly konzervované ve více než 60 % aktuálně cirkulujících kmenů RSV. Prohledali jsme databázi epitopů IEDB, abychom určili, zda tyto epitopy souvisejí s experimentálně ověřenými T buněčnými epitopy RSV nebo HLA ligandy (tabulka A v textu S1). Konzervované sekvence T buněčného epitopu RSV, které mohou být důležité pro budoucí vývoj vakcíny, jsou uvedeny v tabulkách 1 a 2 (tabulky B a C v textu S1).

Tabulka 1. Experimentálně ověřené konzervované peptidy epitopů MHC třídy I v hlavních povrchových proteinech RSV

Předpokládané krajiny epitopu T buněk RSV 

To investigate the evolution of RSV on T cell immunity profiles, we use a multidimensional scaling (MDS) approach to visualize the T cell immunity profile of multiple RSV strains on a landscape. We performed a T cell epitope content pairwise comparison between RSV strains using in silico predicted peptide-HLA allele binding affinity. The pairwise T-cell epitope distances were then calculated using the algorithm reported in this study (Eq 1). We then applied a multidimensional scaling (MDS) approach using these estimated pair-wise T epitope distances to map RSV strains to a landscape to characterize their T-cell immunity profile. We found both class I and class II T cell immunity profiles of F and G proteins of different RSV strains were clustered into groups on this T cell epitope landscape (S4 Fig). Combining the class I and class II T-cell epitope binding profiles, RSV-A major surface protein isolates can be divided into three clusters and RSV-B major surface protein isolates can be divided into two clusters (Figs 2 and S5). We observe that the G gene sequence isolates that contain 72-nt (RSV-A) or 60-nt (RSV-B) duplications clustered together with other sequences instead of forming isolated groups. To further investigate the T cell epitope diversity, we correlated this clustering pattern with the phylogenetic histories (Fig 2B). The phylogenetic tree topologies of the RSV-A F gene and the G gene are similar. The F gene cluster 1 is paraphyletic, while clusters 2 and 3 are monophyletic. Cluster 1 is the closest to the ancestral sequence and mapping this group onto the phylogeny shows that this cluster has a basal relationship with clusters 2 and 3 indicating that the phylogenetic divergence occurred prior to epitope drift. The RSV-B F and G gene genealogies are very different. In particular, the RSV-B F gene topologies are indicative of strong immune selection, similar to observed human influenza A virus or within host HIV phylogenies [28]. In contrast, the RSV-B G gene phylogeny shows the co-circulation of multiple lineages, though this could reflect the sequencing bias of G genes (Fig 2B). We then calculated the T-cell epitope immune distance of each strain from a reconstructed ancestral sequence (Fig 2C). These distances were then plotted against the year of isolation and colored according to the cluster identified in Fig 2A. RSV-A shows that multiple predicted immune phenotypes co-circulate and persist for long periods (>2 desetiletí). Analýza RSV-B ukazuje obrat předpokládaných imunitních fenotypů s krátkými obdobími společné cirkulace (<5 years) for F and G protein T cell epitopes. The limited periods of co-circulation are again consistent with phenotype patterns observed for viruses under strong immune selection (e.g. H3N2 influenza A virus) [29,30]. In contrast, genetic distances from the reconstructed ancestral sequence plotted against year of isolation show patterns typical of gradual genetic drift, except in the G gene where a 72-nt and 60-nt insertion is present (Fig 2D). Taken together, these results suggest that genetic and predicted T-cell epitope immune diversity are different and may be an important factor to consider when evaluating RSV vaccine efficacy.

Tabulka 2. Experimentálně ověřené konzervované peptidy epitopů MHC třídy II v hlavních povrchových proteinech RSV

Obr. 2. Předpokládané krajiny epitopů T buněk a genetická evoluce povrchových proteinů RSV

Existuje několik dostupných metod pro predikci T buněčných epitopů [31], což může vést k různým rekonstruovaným krajinám, pokud v metodě predikce existuje systematické zkreslení. Použili jsme metodu NetMHCpan [32] k predikci T buněčných epitopů a provedli stejnou rekonstrukci krajiny pomocí předpovědí vazby MHC I. třídy pro RSV-A F protein. Naše analýza ukázala konzistentní seskupený vzor profilu T epitopu RSV v krajině bez ohledu na metodu predikce epitopu T buněk (obr. S7).

Obr. 3. Vyhodnocení dříve používaných kandidátních kmenů RSV vakcíny s obsahem T buněčných epitopů cirkulujících kmenů

Hodnocení kmenů kandidátů na vakcínu s obsahem epitopu T buněk

T cell epitopes that are similar between vaccine strains and wild strains (cross-conserved T epitopes, which are defined as epitopes that share identical T cell receptor-facing residues and are restricted by the same alleles [33]) may be responsible for the T cell immune protection of the vaccine. To quantitatively evaluate whether it might be necessary to include multiple RSV strains to prepare an effective vaccine, two live attenuated RSV strains that are previously considered as vaccine candidates, CP248, a recombinant virus that belongs to subtype A, and CP52, which is a recombinant RSV-B strain, were included in our analysis and we evaluated their T cell epitope conservation with different RSV wild-type strains. We calculated the average proportion of cross-conserved T cell epitope content between the selected vaccine strains and wild-circulating strains from different isolation years and WHO regional groups (Figs 3 and S8). Different proportions of cross-conserved T cell epitope content against isolates from two different subtypes, A and B, were observed in both the F and G protein analyses. In the comparison of the vaccine strains and wild strains belonging to the same subtype, the proportion of cross-conserved T cell epitope in RSV F protein is relatively stable in different groups, all are higher than 78% for RSV-A and higher than 85% for RSV-B. In contrast, changes in the proportion of cross-conserved T cell epitopes were detected among groups within the same RSV subtype, especially in different temporal groups in the G protein analysis (Fig 3). Vaccine strain CP248 appears to have a relatively higher proportion of cross-conserved T cell epitopes within G protein when compared to the RSV-A strains that were isolated before 1991 (>70 %) a relativně nižší stupeň konzervace proti nedávno izolovaným kmenům. Podobné snížení konzervace T buněčných epitopů s časem bylo identifikováno pro vakcinační kmen CP52 mezi cirkulujícími kmeny RSV-B.

Diskuse

Ačkoli jak CD4, tak CD8 T buňky přispívají k ochraně proti RSV-indukovanému onemocnění po primární infekci [16,34], T buněčné epitopy věnují ve výzkumu RSV omezenou pozornost. Ukazujeme, že povrchové proteiny RSV se zdají mít významný potenciál řídit T buněčnou imunitu pomocí výpočetního přístupu na základě jejich skóre hustoty T buněčných epitopů, jak bylo stanoveno predikcí vazby molekul MHC. Relativně vysoká předpokládaná hustota epitopu T buněk by mohla učinit F protein dobrým cílem pro RSV vakcínu. Kromě analýzy hustoty a distribuce T buněčných epitopů v hlavních povrchových proteinech RSV jsme také prokázali liniově specifické variace v obsahu T buněčných epitopů. I když se předpokládá, že protein RSV F je dobře konzervovaný, jsou pozorovány epitopové mutace napříč různými liniemi v proteinu F, což naznačuje, že studium liniově specifických T buněčných epitopů v RSV může poskytnout pohled na dopad imunitní selekce na virovou diverzitu a perzistenci. . Na rozdíl od konzervovaného F proteinu se uvádí, že RSV G protein je vysoce variabilní, stále jsme pozorovali potenciální konzervované T buněčné epitopy napříč různými kmeny, což naznačuje velký zájem o konzervovanou doménu G proteinu jako potenciální cíle vakcíny na imunitní ochranu T buněk . I když je nutná experimentální validace, tato analýza zdůrazňuje důležitost porozumění konzervaci epitopů na úrovni populace, protože může poskytnout důležitý pohled na vývoj vakcín řízených T buněčnými epitopy proti infekci RSV.

Hlavním zaměřením naší práce je vývoj metody založené na sekvencích pro mapování evoluce T buněčné imunity napříč různými skvrnami. Po dříve stěžejní práci, která používala metodu MDS k mapování evoluční adaptace viru chřipky A indukovaného CD8 T buňkami pomocí přítomnosti a nepřítomnosti epitopů MHC třídy I [35], jsme zkonstruovali krajiny imunity RSV T buněk pomocí imunitních vzdáleností, které byly vytvořeny pomocí křížových konzervačních analýz T lymfocytárních epitopů, což umožňuje snadnou vizualizaci a intuitivní pochopení potenciálu vztahů T lymfocytární imunity mezi různými kmeny. Při srovnání napříč kmeny jsme zjistili, že obsah T buněčných epitopů povrchových proteinů RSV z různých kmenů může být shlukován, jak bylo pozorováno u antigenního vztahu uváděného u jiných patogenů [36,37]. Naše výsledky také demonstrují shodu mezi shluky imunity RSV T buněk a jejich odpovídající fylogenezí, přičemž sekvence ve stejném kladu obecně patří do stejného imunitního shluku T buněk. Důležité je, že také pozorujeme různé vzorce evoluce T-buněčných epitopů divokých kmenů RSV ve srovnání s jejich genetickou evolucí. Zjistili jsme, že kmeny RSV s duplikacemi G genu se mohou stále shlukovat s předchozími izoláty RSV v prostoru MDS epitopu T buněk. Naše výsledky zdůrazňují důležitost charakterizace změn epitopu T buněk v RSV.

cistanche tubulosa-zlepšuje imunitní systém

V této studii jsme identifikovali vysoce konzervované T buněčné epitopy RSV, z nichž některé již byly experimentálně ověřeny a publikovány v databázi IEDB. Nicméně jsme také identifikovali několik dalších konzervovaných T-buněčných epitopů, které nebyly dříve popsány. Ty mohou být cenné pro návrh vakcíny, i když bude zapotřebí experimentální ověření. Kromě toho homologie vybraných epitopů RSV s lidskými peptidy naznačuje, že některé předpokládané epitopy T lymfocytů RSV by mohly být tolerovány lidským imunitním systémem nebo by mohly vyvolat škodlivou zkříženou imunitní odpověď proti lidským proteinům, když jsou podávány s adjuvans [27]. Určité aspekty imunity vůči RSV nebyly touto studií řešeny. Například reakce neutralizačních protilátek jsou v současnosti považovány za nejdůležitější korelát imunity. Zatímco neutralizační protilátky by nebyly přímo vyvolány vakcínou řízenou T buněčným epitopem, pomocné (CD4) T buněčné epitopy jsou vyžadovány pro vytvoření vysoce afinitních, vysoce specifických protilátek. Také jsme si všimli, že jsme v naší současné analýze omezili naše zaměření na dva hlavní povrchové proteiny RSV, ale k účinnosti vakcíny mohou přispět i jiné proteiny RSV, jako jsou N, M nebo M{5}} proteiny [38].

cistanche tubulosa-zlepšuje imunitní systém

Účinná vakcína proti variabilním virům by měla obsahovat epitopy T-buněk, které jsou mezi cirkulujícími kmeny vysoce konzervované [39]. Účinnost vakcíny může být snížena, pokud se T buněčné epitopy ve vakcinačním kmeni neshodují, když se objeví nové kmeny patogenů. V této studii jsme použili imunoinformatický přístup k odhadu obsahu zkříženě konzervovaných T buněčných epitopů mezi dvěma živými atenuovanými kandidátními kmeny vakcíny a divokými kmeny cirkulujícími RSV. Zjistili jsme, že u vakcinačních kmenů, které patřily do různých antigenních skupin, byl nízký podíl zkříženě konzervovaného obsahu epitopu T buněk, což ukazuje na riziko použití jediného podtypu kmene ve vakcínách proti RSV. Kromě toho jsme pozorovali nižší podíl zkříženě konzervovaného obsahu epitopu T buněk G-proteinu mezi kmeny vakcíny a nedávno cirkulujícími kmeny ve stejné antigenní skupině, což naznačuje, že zahrnutí epitopů T buněk z různých kmenů do stejné antigenní skupiny by také mohlo být důležité pro vývoj vakcíny proti RSV. Ačkoli jsme nepozorovali významnou změnu v obsahu zkříženě konzervovaných T buněčných epitopů v F proteinu, nemůžeme vyloučit možnost, že variace F proteinu v budoucnu by mohla snížit účinnost vakcíny založené na jednom kmeni. Naše současná analýza je založena na redukovaných souborech dat kvůli velké výpočetní kapacitě potřebné k provedení porovnání obsahu epitopu. Tyto reprezentativní datové sady jsme vytvořili náhodným podvzorkováním kompletních datových sad podle geografických oblastí a izolovaných let. Naše zjištění mohou odrážet diverzitu T buněčných epitopů veřejně dostupných RSV kmenů, nicméně k získání úplného obrazu variability T buněčných epitopů RSV může být zapotřebí další úsilí o sledování RSV.

Naše současná studie je omezena chybějícím experimentálním ověřením predikce epitopu T buněk. Zaměřujeme se na výpočetně predikovanou vazbu MHC pro identifikaci T-buněčných epitopů. Přestože síla vazby MHC je klíčovým parametrem, který určuje imunogenicitu peptidu, není dostatečná k tomu, aby byl modul imunogenní [40]. Další aspekty spojené s imunitní odpovědí T lymfocytů indukovanou patogeny, jako je vhodné zpracování antigenu [41] a rozpoznávání receptorů T lymfocytů [40], nejsou v této studii zvažovány, což by mohlo způsobit zkreslení v prostředí epitopů T lymfocytů založené na výpočtech. Avšak pozorovaný shlukovaný vzor povrchových proteinů RSV na krajině epitopů T buněk v této studii odráží rozmanitost epitopů T buněk v různých kmenech. Toto zjištění poskytuje cenné poznatky o vývoji viru v aspektech imunity T-buněk a může přispět k selekci kmene pro návrh vakcíny. Celkově tato studie poskytuje cílenou analýzu T buněčných epitopů v hlavních povrchových proteinech RSV pomocí výpočetních nástrojů. Provedli jsme komplexní predikci T buněčných epitopů pro RSV ukazující imunologický vztah T buněčných epitopů v povrchových proteinech RSV. Tato studie ukazuje, že evoluce epitopu T buněk se může lišit od genetické variace a poskytuje rámec pro vývoj vakcíny RSV založené na integrovaném epitopu a metody hodnocení, které by mohly být použity k optimalizaci vakcinačních strategií.

Reference

1. Crowe JE Jr., Williams JV. Paramyxoviry: Respirační syncytiální virus a lidský metapneumovirus: Virové infekce lidí. 2014 února 27:601–27. https://doi.org/10.1007/978-1-4899-7448-8_26

2. Yun MR, Kim AR, Lee HS, Kim DW, Lee WJ, Kim K a kol. Kompletní genomové sekvence izolátů lidského respiračního syncyciálního viru genotypu A a B z Jižní Koreje. Oznámení genomu. 2015; 3(2). Epub 25. 4. 2015. https://doi.org/10.1128/genomeA.{9}} PMID: 25908140; PubMed Central PMCID: PMC4408341.

3. McLellan JS, Ray WC, Peeples ME. Struktura a funkce povrchových glykoproteinů respiračního syncyciálního viru. Curr Top Microbiol Immunol. 2013; 372:83–104. Epub 24. 12. 2013. https://doi.org/10.1007/ 978-3-642-38919-1_4 PMID: 24362685; PubMed Central PMCID: PMC4211642.

4. Lee J, Klenow L, Coyle EM, Golding H, Khurana S. Ochranná antigenní místa v proteinu G připojení respiračního syncyciálního viru mimo centrální konzervované a cysteinové smyčkové domény. Patogeny PLOS. 2018; 14(8):e1007262. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1007262 PMID: 30142227

5. Aktualizované pokyny pro profylaxi palivizumabu u kojenců a malých dětí se zvýšeným rizikem hospitalizace pro infekci respiračním syncyciálním virem. Pediatrie. 2014; 134(2):e620–38. Epub 30. 7. 2014. https://doi.org/10.1542/peds.{11}} PMID: 25070304.

6. Palivizumab, humanizovaná monoklonální protilátka proti respiračnímu syncyciálnímu viru, snižuje hospitalizaci z důvodu infekce respiračním syncyciálním virem u vysoce rizikových kojenců. Studijní skupina IMpact-RSV. Pediatrie. 1998; 102(3 Pt 1):531–7. Epub 17. září 1998. PMID: 9738173.

7. Schwarz TF, Johnson C, Grigat C, Apter D, Csonka P, Lindblad N, et al. Tři úrovně dávky vakcíny proti mateřskému respiračnímu syncyciálnímu viru jsou dobře snášeny a imunogenní v randomizované studii u netěhotných žen. J Infect Dis. 2022; 225(12):2067–76. Epub 20. 6. 2021. https://doi.org/10.1093/infdis/jiab317 PMID: 34146100; PubMed Central PMCID: PMC9200160.

8. Biagi C, Dondi A, Scarpini S, Rocca A, Vandini S, Poletti G, et al. Současný stav a výzvy ve vývoji vakcín proti respiračním syncyciálním virům. Vakcíny (Basilej). 2020; 8(4). Epub 15. 11. 2020. https://doi.org/10.3390/vaccines8040672 PMID: 33187337; PubMed Central PMCID: PMC7711987.

9. Kim HW, Canchola JG, Brandt CD, Pyles G, Chanock RM, Jensen K a kol. Respirační syncyciální virové onemocnění u kojenců navzdory předchozímu podání antigenní inaktivované vakcíny. Am J Epidemiol. 1969; 89(4):422–34. Epub 1969/04/01. https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.aje.a120955 PMID: 4305198.

10. Murphy BR, Sotnikov AV, Lawrence LA, Banks SM, Prince GA. Zvýšená plicní histopatologie je pozorována u bavlníkových potkanů ​​imunizovaných formalinem inaktivovaným respiračním syncyciálním virem (RSV) nebo purifikovaným F glykoproteinem a vystavených RSV 3–6 měsíců po imunizaci. Vakcína. 1990; 8(5):497-502. Epub 10. 1. 1990. https://doi.org/10.1016/0264-410x(90)90253-i PMID: 2251875.

11. Killikelly AM, Kanekiyo M, Graham BS. Pre-fúze F chybí na povrchu formalínem inaktivovaného respiračního syncyciálního viru. Vědecké zprávy. 2016; 6(1):34108. https://doi.org/10.1038/srep34108 PMID: 27682426

12. Polack FP, Teng MN, Collins PL, Prince GA, Exner M, Regele H, et al. Role imunitních komplexů při zvýšené respirační syncytiální virové chorobě. J Exp Med. 2002; 196(6):859–65. Epub 2002/09/18. https://doi.org/10.1084/jem.20020781 PMID: 12235218; PubMed Central PMCID: PMC2194058.

13. Connors M, Giese NA, Kulkarni AB, Firestone CY, Morse HC 3rd, Murphy BR. Posílená plicní histopatologie vyvolaná stimulací respiračního syncyciálního viru (RSV) u myší BALB/c imunizovaných formalínem inaktivovaným RSV je zrušena deplecí interleukinu-4 (IL-4) a IL-10. J Virol. 1994; 68 (8): 5321–5. Epub 1994/08/01. https://doi.org/10.1128/JVI.68.8.{18}}.1994 PMID: 8035532; PubMed Central PMCID: PMC236482.

14. Waris ME, Tsou C, Erdman DD, Zaki SR, Anderson LJ. Infekce respiračním syncytiálním virem u myší BALB/c dříve imunizovaných virem inaktivovaným formalínem indukuje zesílenou plicní zánětlivou odpověď s převládajícím vzorem cytokinů podobným Th2-. J Virol. 1996; 70(5):2852-60. Epub 1996/05/01. https://doi.org/10.1128/JVI.70.5.2852-2860.1996 PMID: 8627759; PubMed Central PMCID: PMC190142.

15. Gilman MSA, Furmanova-Hollenstein P, Pascual G, BvtW A, Langedijk JPM, McLellan JS. Přechodné otevření trimerních prefúzních RSV F proteinů. Nat Commun. 2019; 10(1):2105. Epub 2019/05/10. https://doi.org/10.1038/s41467-019-09807-5 PMID: 31068578; PubMed Central PMCID: PMC6506550 RSV, obdržela finanční prostředky na výzkum od MedImmune a Janssen, byla placeným konzultantem pro MedImmune a je ve vědeckém poradním výboru Calder Biosciences. MSAG je jmenovaným vynálezcem patentové přihlášky pro RSV F-řízené jednodoménové protilátky. PF-H., GP, A.vW. a JPML jsou zaměstnanci Janssen, farmaceutické společnosti Johnson & Johnson.

16. Taylor G. Zvířecí modely infekce respiračním syncyciálním virem. Vakcína. 2017; 35(3):469–80. Epub 2016/12/03. https://doi.org/10.1016/j.vaccine.2016.11.054 PMID: 27908639; PubMed Central PMCID: PMC5244256.

17. Blunck BN, Rezende W, Piedra PA. Profil prefuzogenní fúzní proteinové nanočásticové vakcíny respiračního syncyciálního viru. Expert Rev Vaccines. 2021; 20(4):351–64. Epub 2021/03/19. https://doi.org/10. 1080/14760584.2021.1903877 PMID: 33733995.

18. Mazur NI, Higgins D, Nunes MC, Melero JA, Langedijk AC, Horsley N, et al. Krajina vakcín proti respiračnímu syncyciálnímu viru: lekce ze hřbitova a slibní kandidáti. Lancet Infect Dis. 2018; 18(10):e295–e311. Epub 20. 6. 2018. https://doi.org/10.1016/S1473-3099(18)30292-5 PMID: 29914800.

19. Liang X, Liu DH, Chen D, Guo L, Yang H, Shi YS a kol. Postupné nahrazování všech dříve cirkulujících kmenů respiračního syncyciálního viru A novým genotypem ON1 v Lanzhou v letech 2010 až 2017. Medicína (Baltimore). 2019; 98(19):e15542. Epub 2019/05/15. https://doi.org/10.1097/MD.0000000000015542 PMID: 31083208; PubMed Central PMCID: PMC6531141.

20. Ahmed A, Haider SH, Parveen S, Arshad M, Alsenaidy HA, Baaboud AO a kol. Společný oběh kmenů 72bp duplikace skupiny A a 60bp duplikační skupiny B kmenů respiračního syncytiálního viru (RSV) v Rijádu, Saúdská Arábie v roce 2014. PLOS ONE. 2016; 11(11):e0166145. https://doi.org/10.1371/journal.pone. 0166145 PMID: 27835664

21. Tian D, Battles MB, Moin SM, Chen M, Modjarrad K, Kumar A a kol. Strukturní základ neutralizace závislé na subtypu respiračního syncyciálního viru protilátkou zacílenou na fúzní glykoprotein. Příroda komunikace. 2017; 8(1):1877. https://doi.org/10.1038/s41467-017-01858-w PMID: 29187732

22. Hashimoto K, Hosoya M. Neutralizující epitopy RSV a rezistence na palivizumab v Japonsku. Fukushima J Med Sci. 2017; 63(3):127–34. Epub 2017/09/05. https://doi.org/10.5387/fms.{11}} PMID: 28867684; PubMed Central PMCID: PMC5792496.

23. Sullender WM. Genetická a antigenní diverzita respiračního syncyciálního viru. Clin Microbiol Rev. 2000; 13 (1):1–15, obsah. Epub 2000/01/11. https://doi.org/10.1128/CMR.13.1.1 PMID: 10627488; PubMed Central PMCID: PMC88930.

24. Chen X, Xu B, Guo J, Li C, An S, Zhou Y a kol. Genetické variace ve fúzním proteinu respiračního syncyciálního viru izolovaného z dětí hospitalizovaných s komunitní pneumonií v Číně. Vědecké zprávy. 2018; 8(1):4491. https://doi.org/10.1038/s41598-018-22826-4 PMID: 29540836

25. De Groot AS, Moise L, Terry F, Gutierrez AH, Hindocha P, Richard G, et al. Lepší zjišťování epitopu, přesné imunitní inženýrství a zrychlený návrh vakcíny pomocí nástrojů imunoinformatiky. Front Immunol. 2020; 11:442. Epub 23. 4. 2020. https://doi.org/10.3389/fimmu.2020.00442 PMID: 32318055; PubMed Central PMCID: PMC7154102.

26. Gilman MS, Castellanos CA, Chen M, Ngwuta JO, Goodwin E, Moin SM a kol. Rychlé profilování repertoáru RSV protilátek z paměťových B buněk přirozeně infikovaných dospělých dárců. Sci Immunol. 2016; 1 (6). Epub 24. 1. 2017. https://doi.org/10.1126/sciimmunol.aaj1879 PMID: 28111638; PubMed Central PMCID: PMC5244814.

27. He L, De Groot AS, Gutierrez AH, Martin WD, Moise L, Bailey-Kellogg C. Integrované hodnocení předpokládané vazby MHC a zkřížené konzervace se sebou samým odhaluje vzory virové kamufláže. Bioinformatika BMC. 2014; 15 Dodatek 4 (Suppl 4): S1. Epub 2014/08/12. https://doi.org/10.1186/1471-2105-15-S4- S1 PMID: 25104221; PubMed Central PMCID: PMC4094998.

28. Grenfell BT, Pybus OG, Gog JR, Wood JL, Daly JM, Mumford JA a kol. Sjednocení epidemiologické a evoluční dynamiky patogenů. Věda. 2004; 303(5656):327–32. Epub 2004/01/17. https://doi.org/10.1126/science.1090727 PMID: 14726583.

29. Smith DJ, Lapedes AS, de Jong JC, Bestebroer TM, Rimmelzwaan GF, Osterhaus AD, et al. Mapování antigenní a genetické evoluce viru chřipky. Věda. 2004; 305(5682):371–6. Epub 2004/06/ 26. https://doi.org/10.1126/science.1097211 PMID: 15218094.

30. Bedford T, Suchard MA, Lemey P, Dudas G, Gregory V, Hay AJ a kol. Integrace antigenní dynamiky chřipky s molekulární evolucí. eLife. 2014; 3:e01914. https://doi.org/10.7554/eLife.01914 PMID: 24497547

31. Korber B, LaBute M, Yusim K. Imunoinformatika přichází do věku. PLOS výpočetní biologie. 2006; 2(6):e71. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.0020071 PMID: 16846250

32. Reynisson B, Alvarez B, Paul S, Peters B, Nielsen M. NetMHCpan-4.1 a NetMHCIIpan-4.0: zlepšené předpovědi prezentace MHC antigenu pomocí souběžné dekonvoluce motivu a integrace MS MHC eluovaných ligandových dat. Výzkum nukleových kyselin. 2020; 48(W1):W449–W54. https://doi.org/10.1093/nar/ gkaa379 PMID: 32406916

33. Gutie´rrez AH, Rapp-Gabrielson VJ, Terry FE, Loving CL, Moise L, Martin WD, et al. Porovnání obsahu epitopu T-buněk (EpiCC) hemaglutininu viru H1 chřipky prasat. Chřipka Jiné respirační viry. 2017; 11(6):531–42. Epub 21. 10. 2017. https://doi.org/10.1111/irv.12513 PMID: 29054116; PubMed Central PMCID: PMC5705686.

34. Russell CD, Unger SA, Walton M, Schwarze J. The Human Immune Response to Respiratory Syncytial Virus Infection. Clin Microbiol Rev. 2017; 30(2):481-502. Epub 2017/02/10. https://doi.org/10.1128/ CMR.{11}} PMID: 28179378; PubMed Central PMCID: PMC5355638.

35. Woolthuis RG, van Dorp CH, Keşmir C, de Boer RJ, van Boven M. Dlouhodobá adaptace viru chřipky typu A únikem z rozpoznání cytotoxických T-buněk. Vědecké zprávy. 2016; 6(1):33334. https://doi. org/10.1038/srep33334 PMID: 27629812

36. Katzelnick LC, Fonville JM, Gromowski GD, Arriaga JB, Green A, James SL a kol. Viry dengue se shlukují antigenně, ale ne jako samostatné sérotypy. Věda. 2015; 349(6254):1338–43. https://doi.org/10. 1126/science.aac5017 PMID: 26383952

37. Tuju J, Mackinnon MJ, Abdi AI, Karanja H, Musyoki JN, Warimwe GM a kol. Antigenní kartografie imunitních odpovědí na erytrocytární membránový protein 1 Plasmodium falciparum (PfEMP1). Patogeny PLOS. 2019; 15(7):e1007870. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1007870 PMID: 31260501

38. Liu J, Ruckwardt TJ, Chen M, Johnson TR, Graham BS. Charakterizace respiračních syncyciálních virů M- a M2-specifických CD4 T buněk na myším modelu. Virologický časopis. 2009; 83(10):4934–41. https:// doi.org/10.1128/JVI.{11}} PMID: 19264776

39. Viboud C, Gnostic K, Nelson MI, Price GE, Perofsky A, Sun K, et al. Mimo klinické studie: Evoluční a epidemiologické úvahy pro vývoj univerzální vakcíny proti chřipce. Patogeny PLOS. 2020; 16(9):e1008583. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1008583 PMID: 32970783

40. Schaap-Johansen AL, Vujović M, Borch A, Hadrup SR, Marcatili P. T buněčná predikce epitopu a její aplikace na imunoterapii. Front Immunol. 2021; 12:712488. Epub 2021/10/05. https://doi.org/10. 3389/fimmu.2021.712488 PMID: 34603286; PubMed Central PMCID: PMC8479193.

41. Mettu RR, Charles T, Landry SJ. Predikce epitopu CD4+ T-buněk pomocí omezení zpracování antigenu. J Immunol Methods. 2016; 432:72–81. Epub 20. 2. 2016. https://doi.org/10.1016/j.jim.2016.02.013 PMID: 26891811; PubMed Central PMCID: PMC5321161.

42. Chen J, Qiu X, Avadhanula V, Shepard SS, Kim DK, Hixson J, et al. Nový a rozšiřitelný genotypizační systém pro lidský respirační syncyciální virus založený na sekvenční analýze celého genomu. Chřipka Jiné respirační viry. 2022; 16(3):492–500. https://doi.org/10.1111/irv.12936 PMID: 34894077

43. Shepard SS, Davis CT, Bahl J, Rivailler P, York IA, Donis RO. LABEL: Rychlé a přesné přiřazení rodokmenu s vyhodnocením hemaglutininů chřipky H5N1 a H9N2. PLOS ONE. 2014; 9(1): e86921. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0086921 PMID: 24466291

44. Organizace UNbtWH. Světové zdravotní statistiky 2011 2011.

45. Rozewicki J, Li S, Amada KM, Standley DM, Katoh K. MAFFT-DASH: integrovaná proteinová sekvence a strukturní zarovnání. Výzkum nukleových kyselin. 2019; 47(W1):W5–W10. https://doi.org/10.1093/nar/ gkz342 PMID: 31062021

46. ​​Rice P, Longden I, Bleasby A. EMBOSS: The European Molecular Biology Open Software Suite. Trends Genet. 2000; 16(6):276–7. Epub 29. 5. 2000. https://doi.org/10.1016/s0168-9525(00)02024-2 PMID: 10827456.

47. Whitehead SS, Hill MG, Firestone CY, St Claire M, Elkins WR, Murphy BR a kol. Nahrazení F a G proteinů respiračního syncyciálního viru (RSV) podskupiny A proteiny z podskupiny B vytváří kandidáty na chimérické živé atenuované RSV podskupiny B vakcíny. J Virol. 1999; 73(12):9773-80. Epub 13. 11. 1999. https://doi.org/10.1128/JVI.73.12.{13}}.1999 PMID: 10559287; PubMed Central PMCID: PMC113024.

48. Stamatakis A. RAxML verze 8: nástroj pro fylogenetickou analýzu a postanalýzu velkých fylogenezí. Bioinformatika. 2014; 30(9):1312–3. Epub 24. 1. 2014. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu033 PMID: 24451623; PubMed Central PMCID: PMC3998144.

49. Sagulenko P, Puller V, Neher RA. TreeTime: Fylodynamická analýza s maximální věrohodností. Evoluce virů. 2018; 4(1). https://doi.org/10.1093/ve/vex042 PMID: 29340210

50. Yu G, Smith DK, Zhu H, Guan Y, Lam TT-Y. dohodněte se na balíčku r pro vizualizaci a anotaci fylogenetických stromů s jejich kovariátami a dalšími souvisejícími daty. Metody v ekologii a evoluci. 2017; 8(1):28–36. https://doi.org/10.1111/2041-210X.12628

51. Southwood S, Sidney J, Kondo A, del Guercio MF, Appella E, Hoffman S, et al. Několik běžných typů HLADR sdílí do značné míry překrývající se repertoáry pro vazbu peptidů. J Immunol. 1998; 160(7):3363–73. Epub 1998/04/08. PMID: 9531296.

52. Sette A, Sidney J. Devět hlavních supertypů HLA třídy I odpovídá za obrovskou převahu polymorfismu HLA-A a -B. Imunogenetika. 1999; 50(3–4):201–12. Epub 22. 12. 1999. https://doi.org/10.1007/ s002510050594 PMID: 10602880.

53. UniProt: univerzální proteinová znalostní báze v roce 2021. Nucleic Acids Res. 2021; 49(D1): D480–d9. Epub 26. 11. 2020. https://doi.org/10.1093/nar/gkaa1100 PMID: 33237286; PubMed Central PMCID: PMC7778908.

54. Moise L, Gutierrez A, Kibria F, Martin R, Tassone R, Liu R a kol. iVAX: Integrovaná sada nástrojů pro výběr a optimalizaci antigenů a návrh epitopově řízených vakcín. Lidské vakcíny a imunoterapeutika. 2015; 11(9):2312–21. https://doi.org/10.1080/21645515.2015.1061159 PMID: 26155959

55. Zhu Q, McLellan JS, Kallewaard NL, Ulbrandt ND, Palaszynski S, Zhang J, et al. Vysoce účinná protilátka s prodlouženým poločasem rozpadu jako potenciální náhrada vakcíny proti RSV pro všechny kojence. Sci Transl Med. 2017; 9 (388). Epub 5. 5. 2017. https://doi.org/10.1126/scitranslmed.aaj1928 PMID: 28469033.

56. McLellan JS, Yang Y, Graham BS, Kwong PD. Struktura fúzního glykoproteinu respiračního syncyciálního viru v postfúzní konformaci odhaluje zachování neutralizačních epitopů. J Virol. 2011; 85 (15): 7788-96. Epub 27. 5. 2011. https://doi.org/10.1128/JVI.{11}} PMID: 21613394; PubMed Central PMCID: PMC3147929.

57. Karosiene E, Lundegaard C, Lund O, Nielsen M. NetMHCcons: konsensuální metoda pro predikce hlavního histokompatibilního komplexu I. třídy. Imunogenetika. 2012; 64(3):177–86. https://doi.org/10. 1007/s00251-011-0579-8 PMID: 22009319

58. GOWER JC. Některé distanční vlastnosti latentních kořenových a vektorových metod se používají ve vícerozměrné analýze. Biometrika. 1966; 53(3–4):325–38. https://doi.org/10.1093/biomet/53.3–4.325

59. Sa´nchez J. MARDIA KV, JT KENT JM BIBBY: Multivariační analýza. Academic Press, Londýn, New York-Toronto-Sydney-San Francisco 1979. xv, 518 stran, 61 $.00. Biometrický časopis. 1982;24 (5):{11}}. https://doi.org/10.1002/bimj.4710240520.

60. Charrad M, Ghazzali N, Boiteau V, Niknafs A. NbClust: Balíček R pro stanovení relevantního počtu shluků v sadě dat. Journal of Statistical Software. 2014; 61(6):1–36. https://doi.org/10. 18637/jss.v061.i06

61. de Leeuw J, Mair P. Vícerozměrné škálování pomocí majorizace: SMACOF v R. Journal of Statistical Software. 2009; 31(3):1–30. https://doi.org/10.18637/jss.v031.i03