Analýza dobře anotovaných sekvenačních dat nové generace odhaluje rostoucí počet případů reinfekce SARS-CoV-2 Omicron

SARS-CoV-2 značně zmutoval a vytvořil varianty vyvolávající obavy (VOC), což má za následek globální nárůst infekce. Omicron VOC reinfikuje jedince vystavené dřívějším variantám SARS CoV-2 s vyšší frekvencí, než bylo dříve pozorováno u VOC jiných než Omicron. Analýza podlinií spojených s primární infekcí Omicron a reinfekcí Omicron odhaluje, že výskyt reinfekcí Omicron-Omicron se vyskytuje v kratším časovém intervalu, než jaký byl pozorován po primární infekci VOC jiného typu než Omicron. Naše analýza naznačuje, že jediná infekce SARS-CoV-2 nemusí vytvořit ochrannou imunitu potřebnou k obraně proti reinfekcím vznikajících linií Omicron. Tuto analýzu umožnilo sekvenování nové generace (NGS) dánské kohorty s klinickými metadaty o obou infekcích vyskytujících se u stejného jedince. Navrhujeme, aby pokračování COVID{10}} NGS a zahrnutí klinických metadat bylo nezbytné k zajištění účinného dohledu nad genomikou SARS CoV{11}}, napomáhání při léčbě a vývoji vakcín a jako vodítko pro doporučení veřejného zdraví.

cistanche tubulosa-zlepšuje imunitní systém

Světová zdravotnická organizace určila pět variant obav (VOC) pro SARS-CoV-2, virus způsobující COVID-19: Alpha, Beta, Gamma, Delta a Omicron1. Tyto VOC a vznikající varianty zůstávají významnou překážkou při eliminaci pandemie SARS-CoV-2. Použití generování sekvenování (NGS) a doprovodných metadat umožnilo lepší pochopení toho, jak se VOC šíří mezi hostiteli3–5. Globální iniciativa pro sdílení údajů o ptačí chřipce (GISAID) k dnešnímu dni katalogizovala více než 12 milionů sekvencí SARS-CoV{10}}3. Analýza dat naznačuje, že každá VOC je spojena s různou úrovní infekčnosti a virulence4,5 a že nové varianty, včetně aktuálně cirkulujících variant, mají potenciál reinfikovat hostitele navzdory celosvětovému úsilí o očkování6,7. Nejnovější varianta, Omicron nebo B.1.1.529, byla označena v listopadu 2021 jako VOC krátce po své původní identifikaci v Jižní Africe a Botswaně1. Dílčí linie Omicron BA.1, BA.2 a BA.3 se od té doby rozšířily po celém světě a staly se počátečními dominantními variantami Omicron, po nichž následovaly BA.4 a BA.5 v týdnech následujících1,8. S výjimkou vakcíny specifické pro Omicron nedávno schválené pro použití ve Spojeném království 9 a USA 10 byly v rámci úsilí o kontrolu pandemie použity vakcíny DNA, RNA a celých proteinů navržené s využitím původních kmenových sekvencí. Nedávné studie zkoumaly nové případy infekcí Omicron, které vykazovaly únik neutralizačních protilátek vyvolaných vakcínou, což vedlo ke zvýšenému počtu případů průlomových infekcí11,12. Virus od počátečního vypuknutí v prosinci 2019 významně zmutoval na VOC. Vakcínou indukované protilátky schopné vázat se na spike protein, který neutralizoval předchozí varianty, se zdají být méně účinné a titry protilátek postupem času klesají13,14. Získaná imunita zprostředkovaná protilátkami vyplývající z předchozí expozice VOC byla dříve považována za dostatečnou k prevenci infekce Omicron, avšak kvůli kombinaci ubývajících protilátek a variantních mutací imunita po COVID{41}} neposkytuje kompletní ochrana proti reinfekci od Omicron15.

cistanche doplněk výhody-zvyšuje imunitu

Naše studie o genomice virové infekce a reinfekce od společnosti Omicron a jejích podlinií využívá datový soubor založený na Dánsku složený z genomů SARS-CoV-2, které byly analyzovány prostřednictvím NGS. Každý záznam byl opatřen metadaty pro výskyt reinfekce. Analýza ukazuje, že k reinfekcím prostřednictvím VOC Omicron dochází s vyšší frekvencí ve srovnání s předchozími reinfekcemi prostřednictvím VOC jiných než Omicron. Další analýza dílčích linií ukazuje, že k reinfekci Omicron-Omicron dochází v kratším časovém intervalu ve srovnání s předchozími reinfekcemi VOC bez Omicron. To naznačuje, že varianta Omicron je schopnější a rychlejší při reinfekci hostitelů, než jsme dosud viděli v pandemii. Mutační potenciál pohánějící tvorbu nových VOC, a tedy i reinfekci, bude nutné neustále monitorovat, aby bylo možné informovat o probíhající politice veřejného zdraví a rozvíjet farmaceutické modality. Zde prezentovaná analýza je příkladem výzkumu, který by nebyl možný bez tohoto robustního souboru dat a pokračujícího sledování genomu. NGS nově vznikajících virových genomů bude muset celosvětově pokračovat s podrobnějšími metadaty, aby bylo možné lépe nahlédnout do progrese SARS-CoV-2. Pro dosažení tohoto cíle bude zásadní sjednocení různých datových souborů, které přenášejí sekvenci virového genomu každého infikovaného nebo reinfikovaného jedince, metadata a lékařské zdravotní záznamy.

Výsledek

SARS-CoV-2 sekvenační data nové generace

Výhody doplňku cistanche-jak posílit imunitní systém

Kliknutím sem zobrazíte produkty Cistanche Enhance Immunity

【Požádejte o více】 E-mail:cindy.xue@wecistanche.com / Whats App: 0086 18599088692 / Wechat: 18599088692

Uvádíme naši analýzu dánského konsorcia COVID{0}} Genome Consortium dostupného prostřednictvím GISAID, která zkoumala jednotlivé případy reinfekce hostitele napříč VOC, včetně podskupin3. V současnosti je k dispozici 21 708 záznamů o reinfekci od 1. března 2020 do 28. srpna 2022. Každý záznam uváděl přesné datum sběru počáteční infekce a reinfekce u stejného jedince spolu se sekvencemi NGS pro virový genom druhé infekce. Časové body primární infekce a reinfekce byly zaznamenány jako metadata hostitele, což umožnilo měřit období mezi infekcemi. Menší část záznamů datové sady (7595) uváděla virovou linii Pango obou infekcí, navíc k datu odběru a data NGS pro vzorky počáteční infekce a reinfekce od stejného jedince. Nomenklatura linie Pango používá NGS k fylogenetické klasifikaci viru na základě jeho genomového složení, což vede k identifikaci virových kmenů16,17. Většina datového souboru neobsahovala údaje NGS pro počáteční infekci a místo toho se spoléhala na test polymerní řetězové reakce s reverzní transkriptázou (rtPCR), aby se zjistilo, zda byl subjekt k uvedenému datu pozitivní na SARS-CoV-2. Test rtPCR nespecifikuje virovou linii Pango, a proto tyto vzorky nebyly zahrnuty do analýzy znázorněné na obr. 1. Protože vzorky stále obsahovaly potvrzenou počáteční infekci, byly zahrnuty pouze na obr. 2a jako NGS of reinfekce poskytla potvrzení variantní linie Pango požadované pro analýzu. Malá podmnožina případů, 70, (<1% of total cases) had identical Pango lineages for the initial infection and reinfection. These cases were removed from the dataset because they did not satisfy the strict Pango lineage filtering methodology. This threshold was chosen because even with small nucleotide or amino acid differences within the same Pango lineage, those entries could be consistent with persistent and unresolved infection rather than reinfection18.

Procento případů reinfekce a intervaly podle varianty

Pro každý NGS-charakterizovaný VOC objevený a hlášený s přidruženými údaji o Pango linii jsme zjistili zvyšující se frekvenci reinfekce ve prospěch reinfekce pomocí Omicron VOC (p < 0,0001, Chi kvadrát test) (obr. 1a). 26 % jedinců infikovaných původním virovým kmenem vykazovalo stále vyšší frekvenci reinfekce s následnými variantami. Ti, kteří byli původně infikováni variantou Alpha, neměli žádné případy reinfekce kvůli Alfě; byly však pozorovány zvyšující se frekvence reinfekce z Delta (2,3 %, 169 případů) a Omicron (25,1 %, 1875 případů) (obr. 1a). U těch, kteří byli původně infikováni Delta, byla reinfekce způsobená variantou Delta omezena (<1%, 18 cases), but 41% (3060 cases) were reported for Omicron variant reinfections. Thus far in the pandemic, reinfection within the same variant but different sub-lineages, other than for Omicron, was found to be small (0.3%, 24 cases), yet a higher number of individuals initially infected with Omicron report reinfection due to Omicron sublineages (4.6%, 340 cases). There is a high frequency of reinfection with Omicron among all those reinfected since March 2020, during which time a total of 93.2% reinfections were due to Omicron. These results suggest that primary infection with either the Original, Alpha, or Delta variant does not provide sufficient protection against reinfection, in particular for an Omicron reinfection.

Výhody doplňku cistanche-jak posílit imunitní systém

Abychom to dále prozkoumali, stratifikovali jsme případy reinfekce Omicron-to-Omicron podle jejich hlavních podliniových označení (obr. 1b). Linie BA.2, BA.4 a BA.5 úzce sdílejí vrcholové aminokyselinové sekvence ve srovnání s jinými liniemi Omicron. Existují pouze tři mutační rozdíly v spike proteinu mezi BA.2 a BA.4 a BA.5: del69-70, L452R a F486V8. Navzdory této podobnosti byla hlášena vysoká frekvence reinfekcí Omicron-to-Omicron s významným rozdílem mezi pozorovanou distribucí počtu a očekávanou distribucí počtu, což ukazuje, že existuje vztah mezi podskupinami Omicron pro reinfekci a není způsoben šance (p < 0.0001, Chí-kvadrát test) (obr. 1b). Jedinci původně infikovaní podlinií BA.1 tvořili vysokou frekvenci celkových reinfekcí Omikronů na Omikrony (62 %, 211 případů), přičemž druhá infekce byla převážně způsobena BA.2 (20 %, 68 případů) nebo BA. 0,5 (30 %, 102 případů) (obr. 1b). Podobně jedinci původně infikovaní BA.2 vykazovali srovnatelně vysoké frekvence reinfekce (38 %, 129 případů) BA.5 (26,2 %, 89 případů) (obr. 1b). Infekce označené jako "Jiné" na obr. 1b neměly společné názvosloví definující linii. Vysoké frekvence reinfekce naznačují, že charakterizovaný rozdíl v spike proteinu BA.1 nebo BA.2 a BA.5 je dostatečně vysoký, aby bránil schopnosti poinfekčních neutralizačních protilátek z BA.1 nebo BA.2 vázat se na BA. .5 spike protein12,16. Linie BA.1, BA.4 a další méně anotované varianty Omicron měly nižší úrovně opětovné infekčnosti ve srovnání s BA.2 a BA.5.

Obr. 1 Procento případů reinfekce a intervaly podle varianty. Teplotní mapa ukazující četnost celkových reinfekcí mezi dvěma variantami pro počáteční infekci i reinfekci v Dánsku. Nezpracované počty jsou uvedeny pod hodnotou frekvence v závorkách. Pro prázdné bílé čtverce nebyly k dispozici žádné údaje. n=7467 případů reinfekce. b Teplotní mapa zobrazující četnost reinfekce mezi počáteční infekcí Omikronem a druhou infekcí Omikronem podle sublinií v Dánsku. Nezpracované počty jsou uvedeny pod hodnotou frekvence v závorkách. Pro prázdné bílé čtverce nebyly k dispozici žádné údaje. n=340 případy reinfekce Omicron-to-Omicron. c Bodový graf zobrazující dobu mezi případy (týdny) pro první a druhou infekci různých variant v Dánsku. Průměry skupin jsou znázorněny černými pruhy. Červený čtverec zvýrazňuje řadu raných případů Omikronů na Omikrony zmíněných v textu, ke kterým došlo před 10-týdenním obdobím. n=7467 případů reinfekce. d Rozptylový graf pro dobu mezi případy (týdny) infekcí Omicron-to-Omicron podle linie v Dánsku. Průměry skupin jsou znázorněny černými pruhy. Červený čtverec zvýrazňuje rané případy mezi Omikrony a Omikrony uvedené v textu, ke kterým došlo před 10-týdenním obdobím pro konkrétní podlinii. n=340 případy reinfekce Omicron-to-Omicron.

Obr. 2 Procenta reinfekce a počty sekvenování. a Dánská procenta sekvenování v průběhu času stratifikovaná variantou reprezentovanou jako čárový graf s překryvným sloupcovým grafem představujícím procenta druhé infekce stratifikovaná variantou, která zahrnuje data NGS a rtPCR. b Celosvětové počty sekvencí rozvrstvené podle kontinentů v intervalech jednoho měsíce. Údaje jsou také zobrazeny jako procento případů sekvenovaných po dobu jednoho měsíce na doplňkovém obrázku 2.

Pokles neutralizačních protilátek po infekci vyvolává obavy, jak dlouho u daného jedince vydrží přirozená imunita. Modely před Omikronem odhadovaly více než 90% účinnost počáteční imunity po infekci, ale tyto odhady se po 108 týdnech snížily na méně než 10 %19. Obrázky 1c a d ukazují dobu mezi infekcemi první a druhou VOC pozorovanou během pandemie. Mezi různými VOC je demonstrován postupný trend prodlužování doby do reinfekce v důsledku jejich načasování výskytu, šíření a dominance v pandemii (obr. 1c). Konkrétně reinfekce Omicron-to-Omicron se objevují již za 3 týdny po počáteční infekci, s průměrem 22 týdnů (obr. 1c). Z těchto reinfekcí Omicron-to-Omicron se 50 z celkových 340 (14,7 %) případů vyskytne do 10 týdnů od počáteční infekce; označeno červeným rámečkem na obr. 1c. Byl proveden t-test pro významnost doby mezi těmito reinfekcemi Omicron-to-Omicron, ke kterým dochází před a po 10 týdnech. Tyto dvě podskupiny demonstrují významnost střední doby reinfekce (p < 0,0001, 95% CI: 17,17–20,19). To vedlo k další analýze s cílem určit, co by mohlo způsobit tuto významnou bimodální distribuci ve skupině reinfekce Omicron-Omicron. Tyto reinfekce z obr. lc jsou stratifikovány podle podlinií na obr. ld. Výskyt reinfekce před 10. týdnem, označený červeným rámečkem na obr. 1d, je převážně spojen nejprve s BA.1 a poté s reinfekcí BA.2. Byla provedena analýza rozptylu (ANOVA) (doplňková data 1) mezi těmito skupinami na obr. 1d ukazuje významnost mezi rozdílem v průměrech pro většinu v důsledku dostupnosti dat NGS zpracovaných pomocí bioinformatiky k odhalení Pango linie vzorků v datovém souboru .

Procento případu reinfekce

S použitím kombinované datové sady vzorků NGS a rtPCR, jak bylo popsáno výše, byl za posledních osm měsíců (2. prosince021. července 2022) hlášen vyšší počet reinfekcí ve srovnání s jinými VOC v minulém roce (obr. 2a). Podíl podlinií Omicron proti celkovým infekcím v Dánsku je podrobně uveden na doplňkovém obr. 1. Během globální infekční vlny Omicron mělo Dánsko 19,5% maximální podíl reinfekce z celkového počtu případů ve vzorku v červenci 2022. Pro srovnání, vrchol 1,4% z celkového počtu případů během vlny Delta byl hlášen jako reinfekce. Tento rozdíl zdůrazňuje vysokou úroveň reinfekcí pozorovanou během progrese pandemie do Omicron VOC. Kromě toho data ukazují, že když byla dominantní varianta infekce téměř rovnoměrně distribuována na 50 % mezi Delta a Omicron, nedocházelo k rovnoměrnému rozložení reinfekcí. Reinfekce v té době, prosinec 2021, byly způsobeny Deltou v 0,6 % případů a Omicronem v 1,6 % případů. Toto je důležité zjištění mezi společnostmi Delta a Omicron, protože pravděpodobnost expozice byla zhruba stejná, ale pravděpodobnost reinfekce nikoliv.

Diskuse

Naše výsledky v rámci tohoto snímku dostupných regionálních dat ilustrují dva základní koncepty. Za prvé, jedinci jsou reinfikováni SARS-COV-2 a zdá se, že reinfekce Omicron-to-Omicron se vyskytují blíže u sebe s vyšší frekvencí než u reinfekcí spojených s předchozími VOC. Řada předchozích studií zkoumala frekvence reinfekce u SARS-CoV-2, včetně Omicron, a přestože tyto typy studií poskytují cenné poznatky, často se omezují pouze na data PCR6,7,20 a neoznačují linii Pango což omezuje možnost nahlédnout do pandemie. Za druhé, existuje trvalá potřeba NGS s doprovodnými klinickými metadaty pacienta, aby bylo možné neustále sledovat změny v míře virových infekcí a účinnosti vakcíny. Efektivní sledování genomu nám umožňuje porozumět trendům ve virové infekčnosti a vyhodnotit současnou úroveň ohrožení vznikajících VOC. Viděli jsme bezprecedentní úroveň celosvětové vědecké spolupráce zaměřené na zachycení virových sekvencí od infikovaných jedinců za účelem vybudování veřejné databáze. Tato spolupráce zpřístupnila veřejnosti cenné údaje, abychom mohli sledovat změny ve virové genomice, provádět epidemiologické studie, řídit politiku veřejného zdraví a informovat o vývoji vakcín3. Ačkoli má GISAID v době této analýzy k dispozici více než 12 milionů sekvencí, současná míra sekvenování výrazně klesá3. Je znázorněno rozdělení počtu NGS podle kontinentů s nedávným poklesem v Severní Americe a Evropě (obr. 2b). Tento pokles negativně ovlivňuje schopnost naší vědecké komunity analyzovat SARS-CoV-2 a COVID{16}}, protože údaje o linii Pango lze generovat pouze z dat NGS. Kromě toho se v současnosti dostupné genomové sekvenování často uvádí buď jako počáteční infekce, nebo jako reinfekce, ale údaje NGS o počáteční infekci a reinfekci se obvykle neuvádějí společně pro stejného jedince. Dánský datový soubor ilustruje důležitost vykazování údajů NGS na jednotlivce jako prostředku k analýze rizika reinfekce. Jedná se o unikátní kohortu v rámci databáze GISAID, protože v této studii bylo použito 21 708 dobře anotovaných genomů z Dánska. Po celém světě byly k dispozici méně než 2{21}} další anotované genomy reinfekce s omezenými úrovněmi podrobností o reinfekci a často bez vazby na pacienta. Velikost této studie, stejně jako relativní velikost Dánska a hustota obyvatelstva, se hodí ke zmírnění zkreslení v analýzách. Vzhledem k tomu, že reinfekce je stále častější nejen u druhé infekce, ale také u třetí a čtvrté infekce, mohou celosvětově hlášená data poskytnout více informací o reinfekci. Kromě toho lze chronické infekce podrobně analyzovat pomocí několika analýz NGS na vzorcích v průběhu času, aby bylo možné pochopit, jak se virus vyvíjí u konkrétního hostitele.

Reinfekce může být ovlivněna vnějšími, nebiologickými předsudky, jako jsou období blokování a ochranná opatření, jako jsou masky, vakcíny a různá omezení. V Dánsku byla dne 11. března 2020 zavedena celostátní uzamčení, přičemž krátce poté, 6. dubna a 27. května, došlo ke dvěma fázím znovuotevření. Druhé celostátní uzamčení bylo zavedeno 16. prosince 2020 a znovuotevření následovalo ve dvou fázích 16. února a 1. března 2021. Všechna omezení, jako jsou požadavky na masky, omezení velikosti na shromážděních a omezení obchodní činnosti, byla v září 2021 odstraněna. Navzdory obnovení těchto omezení s cílem pomoci zmírnit šíření viru od prosince 2021 do února 2022 představovalo 7084 případů reinfekce Omicron pozorovaných během tohoto období nárůst z 1,5 na 6 %, což je úroveň reinfekce, která dříve nebyla pozorována (obr. 2a). Dánsko se stalo první zemí na světě, která zastavila svůj očkovací program a ukončilo základní očkování k 15. květnu 2022. Zdůvodnění bylo uvedeno, že 81 % země bylo očkováno a 62 % dostalo třetí přeočkování od února 2022. Ukončení očkovacího programu mohlo potenciálně způsobit zvýšení počtu primárních infekcí a reinfekcí, protože v Dánsku byla stále značná část neočkovaných jedinců ve věku 21–24. Pandemie COVID{25}} se obává, že u očkovaných jedinců z variant a jejich podlinií dojde k průlomovým infekcím v důsledku klesajících titrů neutralizačních protilátek13,14. V naší studii jsme to nemohli analyzovat, protože doprovodná metadata uvádějící typ vakcíny, počet obdržených dávek a datum podání neexistovaly. Metadata o vakcinaci a další, jako je věk nebo již existující zdravotní stav, by mohla umožnit analýzu reinfekce na úrovni ochrany nebo rizika s větší podrobností případ od případu. Studie použily tento typ metadat pro analýzu reinfekce Omicron, ale data NGS definující linii Pango chybí místo rtPCR25,26. Analýza v Kataru byla omezena rtPCR, ale dospěla k závěru, že proti BA.4 nebo BA.5 byl přítomen na mírné úrovni z předchozí non-Omikronové infekce, ale silnější po Omikronové infekci. Jednotlivci byli stále schopni být reinfikováni bez ohledu na první variantu infekce, ale zajímavé je, že u očkovaných jedinců se to příliš nezměnilo. U očkovaných jedinců byla navržena mírně vyšší ochrana proti reinfekci. Výsledky studie v Kataru jsou odvozeny z pozitivního rtPCR testu navrženého pro běžnou deleci Spike proteinu korelovanou s datem dominantní varianty BA.4 nebo BA.5. Vzhledem k tomu, že tato delece je přítomna ve více podliniích Omicron, BA.4 a BA.5, nelze je pro analýzu oddělit bez potvrzení linie Pango ze strany NGS20. Pevně ​​věříme, že sekvenování nové generace vzorků SARS CoV-2 musí pokračovat přidáním metadat popisujících hostitele. I když je pokles sekvenování znepokojivý, integrace dat jednoho člověka z více zdrojů je zásadním krokem k objevování nových poznatků o COVID-19. Například je důležité propojit sekvenování nové generace pro identifikaci virového genomu, lékařské záznamy pro zkoumání věku a již existujících stavů a ​​metadata pro sledování času a stavu reinfekce.

rostlina cistanche zvyšující imunitní systém

V případě reinfekce jsou informace o sekvenování charakterizující jak načasování mezi infekcemi, tak složení virového genomu každé infekce zásadní pro poskytnutí přesných doporučení v oblasti veřejného zdraví a navrhování účinných léčiv s dlouhou životností. Naše studie naznačuje, že reinfekce VOC Omicron se vyskytují s vyšší frekvencí a v kratším časovém intervalu, než bylo pozorováno u jiných VOC dříve během pandemie. To má významné důsledky pro tvůrce politik v oblasti veřejného zdraví. Zde prezentovaná analýza je příkladem výzkumu, který by nebyl možný bez této robustní datové sady, která bude muset pokračovat v NGS Worldwide a bude dále vylepšována spojením datových sad přenášejících sekvenci virového genomu každého infikovaného nebo reinfikovaného jedince, metadata a zdravotní stav. evidence.

Naše studie naznačuje, že reinfekce VOC Omicron se vyskytují s vyšší frekvencí a v kratším časovém intervalu, než bylo pozorováno u jiných VOC dříve během pandemie; naše schopnost měřit a kvantifikovat šíření viru se však exponenciálně zmenšila kvůli sníženému financování/schopnosti/ kontinuálně sekvenovat vzorky pacientů.

Reference

1. Viana, R. a kol. Rychlá epidemická expanze varianty SARS-CoV-2 Omicron v jižní Africe. Příroda 603, 679–686 (2022).

2. Oliu-Barton, M. a kol. Eliminace versus zmírnění SARS-CoV-2 za přítomnosti účinných vakcín. Lancet Glob. Zdraví 10, e142–e147 (2022).

3. Khare, S. a kol. Role GISAID v pandemické reakci. Čína CDC Wkly. 3, 1049–1051 (2021).

4. Gómez, CE, Perdiguero, B. & Esteban, M. Vznikající varianty SARS-CoV-2 a dopad v globálních očkovacích programech proti SARS-CoV-2/COVID-19. Vakcíny 9, 243 (2021).

5. Wu, H. a kol. Nukleokapsidové mutace R203K/G204R zvyšují infekčnost, zdatnost a virulenci SARS-CoV-2. Cell Host Microbe 29, 1788–1801.e6 (2021).

6. Rahman, S. a kol. Reinfekce COVID-19 mezi přirozeně infikovanými a očkovanými jedinci. Sci. Rep. 12, 1438 (2022).

7. Pulliam, JRC a kol. Zvýšené riziko reinfekce SARS-CoV-2 spojené s výskytem společnosti Omicron v Jižní Africe. Science 376, eabn4947 (2022).

8. Tegally, H. a kol. Vznik SARS-CoV-2 Omicron linií BA.4 a BA.5 v Jižní Africe. Nat. Med. 28, 1785–1790 (2022).

9. Mahase, E. Covid-19: Spojené království zavede vakcínu Moderna Omicron BA.1 jako součást podzimního posilovacího programu. BMJ 378, o2038 (2022).

10. CDC. CDC doporučuje první aktualizovaný booster COVID{1}}. https://www. cdc.gov/media/releases/2022/s0901-covid-19-booster.html (2022).

11. Yu, J. a kol. Neutralizace SARS-CoV-2 variant BA.1 a BA.2 Omicron. N. Engl. J. Med. 386, 1579–1580 (2022).

12. Tuekprakhon, A. a kol. Únik protilátky SARS-CoV-2 Omicron BA.4 a BA.5 z vakcíny a BA.1 séra. Cell 185, 2422–2433.e13 (2022).

13. Kurhade, C. a kol. Neutralizace Omicron BA.1, BA.2 a BA.3 SARS CoV-2 3 dávkami vakcíny BNT162b2. Nat. Commun. 13, 3602 (2022).

14. Woodbridge, Y., Amit, S., Huppert, A. & Kopelman, NM Dynamika virové zátěže variant SARS-CoV-2 Delta a Omicron po více dávkách vakcíny a předchozí infekci. Nat. Commun. 13, 6706 (2022).

15. Goldberg, Y. a kol. Ochrana a oslabení přirozené a hybridní imunity vůči SARS-CoV-2. N. Engl. J. Med. 386, 2201–2212 (2022).

16. Rambaut, A. a kol. Návrh dynamické nomenklatury pro linie SARS-CoV-2 na pomoc genomické epidemiologii. Nat. Microbiol. 5, 1403–1407 (2020).

17. O'Toole, Á., et al. Přiřazení epidemiologických linií ve vznikající pandemii pomocí nástroje Pangolin. Virus Evol. 7, veab064 (2021).

18. Weigang, S. a kol. Evoluce SARS-CoV-2 v rámci hostitele u imunosuprimovaného pacienta s COVID-19 jako zdroj variant úniku imunity. Nat. Commun. 12, 6405 (2021).

19. Prillaman, M. Jedna koronavirová infekce odhání druhou – ale pouze v případě, že se jedná o podobnou variantu. Příroda https://doi.org/10.1038/d41586-022-01914-6 (2022)

20. Altarawneh, HN a kol. Ochranný účinek předchozí infekce SARS-CoV-2 proti subvariantám Omicron BA.4 a BA.5. N. Engl. J. Med 387, 1620–1622 (2022).

21. Danielsen, S., Joensen, A., Andersen, PK, Madsen, T. & Strandberg-Larsen, K. Sebezraňování, sebevražda a symptomy poruch příjmu potravy u mladých dospělých po uzamčení COVID-19 v Dánsku. Nat. Hučení. Chovej se. https://doi. org/10.1038/s41562-022-01511-7. (2023)

22. Peltier E. Dánsko, přetékající případy virů, zaujímá postoj 'Bring It On'. The New York Times https://www.nytimes.com/2022/02/08/world/europe/denmark-covid-infections.html (2022).

23. Elllyatt H. Denmark se stává první zemí, která zastavila svůj program očkování proti COVID-19. CNBC https://www.cnbc.com/2022/04/28/denmark-the-first country-to-halt-its-covid-vaccination-program.html (2022).

24. Dánsko omezení Covid zrušena navzdory nárůstu případů. BBC https://www. bbc.com/news/world-europe-60215200 (2022).

25. Eythorsson, E., Runolfsdottir, HL, Ingvarsson, RF, Sigurdsson, MI & Palsson, R. Míra reinfekce SARS-CoV-2 během Omikronové vlny na Islandu. JAMA Netw. Otevřeno 5, e2225320 (2022).

26. Carazo, S. a kol. Odhadovaná ochrana předchozí infekce SARS-CoV-2 před reinfekcí variantou Omicron mezi jedinci očkovanými a neočkovanými messenger RNA v Quebecu v Kanadě. JAMA Netw. Otevřeno 5, e2236670 (2022).

27. Falahi, S. & Kenarkoohi, A. COVID-19 reinfekce: prodloužené vylučování nebo skutečná reinfekce? N. Microbes N. Infect. 38, 100812 (2020).

28. Burkholz, S. a kol. Kód pro: Rostoucí případy SARS-CoV-2 Omicronová reinfekce odhaluje neúčinnou post-COVID-19 imunitu v Dánsku a vyjadřuje potřebu pokračujícího sekvenování nové generace. https://doi. org/10.5281/ZENODO.7659150. (2023).