Perturbace močového viru při transplantaci ledvin

Kontakt: Audrey Hu Whatsapp/hp: 0086 13880143964 E-mail:audrey.hu@wecistanche.com

Tara K. Sigdel a kol

Lidský mikrobiom je důležitý pro zdraví a hraje roli v základních metabolických funkcích a ochraně před určitými patogeny. Naopak dysbióza mikrobiomu je viděna v kontextu různých onemocnění. Nedávné studie ukázaly, že komplexní mikrobiální komunita obsahující stovky bakterií kolonizuje zdravé močové cesty, ale o lidských močových virech ve zdraví a nemoci je známo jen málo. Zhodnotit lidský močový virom v kontextuledvinatransplantace (tx), variace ve složení močového viromu byly hodnoceny ve vzorcích moči od normálních zdravých dobrovolníků i pacientů sledvinachorobapoté, co podstoupili Tx ledvin. Kapalinová chromatografie-hmotnostní spektrometrie/hmotnostní spektrometrie analýza byla provedena na vybrané kohortě 142ledvinytx pacientů a normálních zdravých kontrol, z větší biobanky 770ledvinabiopsie odpovídající vzorků moči. Kromě analýzy normální zdravé kontrolní moči, kohortaledvinatx pacienti měli biopsií potvrzenou fenotypovou klasifikaci, shodující se s analyzovaným vzorkem moči, stabilních štěpů (STA), akutní rejekci, nefritidu viru BK a chronickou nefropatii alograftu. Identifikovali jsme 37 unikátních virů, z nichž 29 je poprvé identifikováno ve vzorcích lidské moči. Složení lidského močového viromu se liší ve zdraví a poškození ledvin a distribuce virových proteinů v močovém traktu může být dále ovlivněna expozicí IS, stravou a environmentální, dietní nebo kožní expozicí různým insekticidům a pesticidům.

klíčová slova: ledvinatransplantace, virom, moč, proteomika, biomarkery

Cistanche tubulosa zabraňuje onemocnění ledvin, kliknutím sem získáte vzorek

ÚVOD

Lidský mikrobiom byl rozsáhle studován v různých biotekutách, jako je krev (1), moč (2–4), sliny (5, 6), mozkomíšní mok (7) a bronchoalveolární laváž (8, 9). o lidském zdraví a nemoci (10). Bylo hlášeno několik zpráv o hodnocení mikrobiomů v různých oblastech lidského těla, včetně plic a střev (11–15). O močovém mikrobiomu a jeho změnách v souvislosti s poškozením ledvin po transplantaci ledviny (tx) je však známo jen málo (16, 17). Většina studií lidských mikrobiomů mapovala 16S rRNA pro bakteriální profilování (18) a existuje pouze malé množství dat zkoumajících virom v moči (19, 20) a jediná publikovaná studie použila sekvenování nové generace k mapování virových genomových složek. v moči pacientů po transplantaci ledviny (19).

Dysbióza mikrobiomu je spojena s mnoha nemocemi, jako je zánětlivé onemocnění střev, rakovina tlustého střeva, obezita a plicní onemocnění (21–25), ale o změnách viromu v lidských tělesných tekutinách, jako jsou sliny, bronchoalveolární výplach, je známo jen málo, a moč. Je známo, že různé složky mikrobiomu vykonávají základní funkce včetně biosyntézy kofaktorů a vitamínů, metabolismu základních sloučenin a bariérové ​​ochrany před patogeny (26–28). Podobné dysbiotické a ochranné funkce lze také připsat močovému viromu; proto je důležité zjistit složení lidského viru ve zdraví a nemoci. Pro účely této studie jsme se rozhodli provést tyto studie v moči ve zdraví a v kontextu expozice IS po tx ledvin, během stabilní funkce ledvin a v kontextu poškození ledvin tx. Cílem studie bylo vyhodnotit repertoár virů, jak je určeno peptidy přítomnými v lidské moči a jejich odchylkami po expozici IS a různými příčinami akutního, chronického a infekčního poškození ledvin.

Mikrobiom se v čase mění a koreluje s diverzitou organismu. Analýza mikrobiomů může být segregována jak na strukturální analýzu založenou na operačních taxonomických jednotkách založených na sekvenční fylogenezi, tak na funkční analýzu založenou na sekvenování metagenomiky a proteomice (29, 30). Identifikovaná mikroflóra u různých onemocnění může být dále studována kultivací, funkční metagenomikou a multiplexní imunofluorescencí a in situ hybridizací. Projekt lidského mikrobiomu NIH zveřejnil lidský mikrobiom na 15 místech těla od 300 jedinců (31).

LÉČBA NEMOCI LEDVIN: CISTANCHE

MATERIÁLY A METODY

Celkem 142 unikátních vzorků bylo hodnoceno z bioúložiště obsahujícího 2016 shromážděných informovaným souhlasem IRB od dospělých a dětských vzorků z programů tx ledvin na Stanfordské univerzitě a Kalifornské univerzitě v San Franciscu, mezi vzorky moči, z nichž 770 bylo doprovázeno odpovídajícími ledvinami tx box s centralizovanými patologickými histologickými hodnotami a kompartmentovými skóre pomocí standardizovaného Banffova schématu (32) pro hodnocení ledvin tx poraněním (obrázek 1). Studie byla schválena The Human Research Protection Program of the University of California, San Francisco. Vzorky moči byly fenotypizovány na základě odpovídající patologie ledvin bx do pěti skupin: zdravá kontrola (HC; n=9), stabilní štěp (STA; n=40), akutní rejekce (AR; n {{ 7}}), chronická aloštěpová nefropatie (CAN; n=39) ​​a nefritida viru BK (BKVN; n=17). Moč byla centrifugována 2,000 × g při 4 stupních po dobu 20 minut, aby se zbavily usazenin moči. Supernatant se nechal projít přes filtrační membránu 10 kDa, aby se odstranily nativní peptidy z intaktních proteinů o velikosti větší než 10 kDa. Celkový protein byl poté štěpen trypsinem a výsledné tryptické peptidy byly analyzovány platformou LC-MS (Orbitrap Velos MS). Podrobné metody přípravy a analýzy proteinů jsou uvedeny jinde (33).

Přizpůsobený algoritmus MSGF plus vytvořený naší skupinou (https://omics.pnl.gov/software/ms-gf) byl použit k vyhledávání spekter MS/MS proti kombinované databázi lidských proteinových sekvencí a virové databázi NCBI. Peptidy byly původně identifikovány z vyhledávání v databázi za použití následujících kritérií: MSGF spektrum E-hodnota (pravděpodobnostní hodnota peptidu a MS/MS spektra se shoduje s nižší hodnotou, tím vyšší je pravděpodobnost správné shody).<10-10, peptide="" level="" q-value="" (false="" discovery="" rate="" estimated="" by="" targeted-decoy="" database="" search)="" to="" be=""><0.01, and="" mass="" measurement="" error=""><10 ppm="" (±5="" ppm).="" the="" decoy="" database="" searching="" methodology="" was="" used="" to="" confirm="" the="" final="" false="" discovery="" rate="" at="" the="" unique="" peptide="" level="" to="" be=""><1%. due="" to="" the="" anticipated="" higher="" false="" discovery="" rate="" for="" peptides="" from="" viral="" proteins,="" more="" stringent="" filtering="" criteria="" with="" msgf="" spectrum="" e="" value="" to="" be=""><1e-13 was="" applied.="" the="" false="" discovery="" rate="" was="" estimated="" to="" be="" nearly="" 0%="" based="" on="" the="" well-accepted="" target="" decoy="" searching="" strategy="" because="" no="" decoy="" hits="" were="" observed="" following="" this="" stringent="" cutoff.="" data="" are="" shown="" as="" percentages="" and="" mean="" ±="" sd.="" comparisons="" of="" different="" categories="" are="" done="" using="" anova="" and="" p="" values="" of=""><0.05 are="" considered="">

VÝSLEDEK

Naše skupina již dříve publikovala podrobnou analýzu biologicky relevantních lidských proteinů v těchto vzorcích moči odebraných příjemcům transplantátu ledviny s různými fenotypy poškození štěpu, jak bylo potvrzeno odpovídající histopatologií transplantátu ledviny na biopsii, odebrané současně se vzorkem moči; tato data byla uložena v proteomickém úložišti MassIVE (přístup MSV000079262) a v úložišti ProteomeXchange (přístup PXD002761) (33). V této studii jsme se zaměřili pouze na identifikaci a analýzu virových proteinů ve stejné kohortě pacientů po transplantaci ledviny, se zahrnutím také věkově a genderově odpovídajících zdravých kontrolních vzorků lidské moči pro hodnocení virových proteinů jak u zdraví, tak u poškození ledvin. . Je důležité poznamenat, že z celkových analyzovaných lidských a virových proteinů v moči tvoří pouze virové proteiny<0.2% of="" the="" total="" identified="" proteins,="" highlighting="" the="" very="" low="" abundance="" of="" rather="" rare="" viral="" proteins="" in="" human="" urine,="" irrespective="" of="" the="" type="" of="" kidney="" injury,="" and="" irrespective="" of="" baseline="" immunosuppression="">

Výsledky prezentované v tomto článku pocházejí z mapování virových peptidů, na rozdíl od genomového sekvenování virových složek, jak bylo uvedeno v předchozích publikacích (19). Jako počáteční analýzu se zaměřujeme na prevalenci virových proteinů v moči specifických pro každý fenotyp transplantace ledvin STA, AR, CAN a BKVN a na variace zaznamenané u viromu zdravé kontrolní moči. Údaje o virovém proteinu v moči pro každý vzorek byly vyhodnoceny na abundanci vzorku vzhledem k průměrné hladině tohoto viru v celé vzorkované populaci. Zjistili jsme, že v průměru u 22 procent (rozmezí 4–67 procent) pacientů po transplantaci ledviny byly v moči detekovány různé virové proteiny, s výjimkou pacientů s BKVN, kde lze očekávat detekci viru BK v moči, protože tito pacienti mají infekci BK virem v močových cestách a při transplantaci ledviny. Distribuce různých virových proteinů v různých stavech poškození tx a normálním zdraví je znázorněna na tepelné mapě prevalence (obrázek 2). Celkově bylo identifikováno celkem 57 virových proteinů z 37 unikátních virů, z nichž mnohé byly neočekávané a dříve nebyly popsány jako „komenzálové“ v lidské moči. Z těchto unikátních virů bylo 8 virů jednovláknových RNA virů, 1 virus byl jednovláknový RNA-RT virus a 28 virů bylo dvouvláknové DNA viry (tabulka 1). Ze 142 pacientů měli všichni pacienti v moči alespoň jeden virový protein, s průměrem 10,23 ± 4,57 virových proteinů/vzorek.

Prevalence virových proteinů lidské moči

Zkoumaná zdravá kontrolní skupina měla 20 unikátních virových proteinů se skupinovým průměrem 13,67 ± 1,32 virových proteinů. Pacienti tx ledvin s udržovací IS a stabilní funkcí ledvin tx měli statisticky významně nižší počet unikátních virů ve skupině (8,08 ± 2,78; p=7e-10) ve srovnání se zdravou kohortou (normální ledviny funkce a normální imunitní systém), bez jakékoli expozice IS. V kohortě STA je místo toho detekováno devět nových virových proteinů ve srovnání se zdravými kontrolami, které patří k následujícím virům: Junin virus, Cotesia congregata bracovirus, Agrotis segetum nucleopolyhedrovirus, Psittacid herpesvirus 1, Pseudocowpow virus, Spodoptera frugiperda mnohočetný virus nukleopolyhedrovirů, japonské nukleopolyhedroviry Virus strakatosti cowpea a jediný nukleopolyhedrovirus Helicoverpa zea. Poškození ledvin po tx (i přes pokračující expozici IS) má za následek celkové zvýšení počtu unikátních virových proteinů oproti kohortě STA tx, s významným zvýšením virových proteinů v moči ve skupině pacientů s CAN (11,46 ± 3,52; p {{ 16}}e-10) a skupina pacientů BKVN (15,76 ± 5,65; p=13.7e-10). Repertoár virových proteinů v moči se zdá být zcela odlišný v různých kategoriích poškození tx (obrázek 3). Prevalence virových proteinů BKV v moči se zvyšuje na 60–70 procent u AR, 70–80 procent u pacientů s CAN a 100 procent u pacientů s BKVN (obrázek 2), což zdůrazňuje, že zvýšení množství viru BK v moči může vést z augmentace IS, jak je vidět v kategorii AR, as delším časem po tx, jak je vidět v kategorii CAN. Vzorky moči BKVN ukazují maximální divergenci virových proteinů v moči, jak se očekávalo. Čtyři virové proteiny, které jsou konzistentně přítomny ve všech ostatních vzorcích, včetně normálních zdravých kontrol (Canarypox virus, Tacaribe virus, Simian virus 12, Acidianus filamentous virus 8), již nejsou v kohortě BKVN pozorovány. Protože BKV je DNA virus, zkoumali jsme, zda změny v močovém viromu do značné míry souvisí se vznikem nových DNA virů v BKVN. Pět nových virových proteinů je zaznamenáno pouze v kohortě BKVN (Ectropis obliqua nucleopolyhedrovirus, Fowl adenovirus D, virus Taura syndromu, Iridescent virus invertebrate 6, Gallid herpesvirus 2). 4/5 virů kohorty BKVN byly viry s dvouvláknovou DNA (tabulka 1).

Hojnost virových proteinů lidské moči

Dále jsme hodnotili hojnost různých virových proteinů u všech tx pacientů a HC vzorků moči. Mezi 37 unikátními vyšetřenými viry byly u pacientů se STA IS nejhojnější následující viry (Acidianus filamentous virus 8, Agrotis segetum nucleopolyhedrovirus, BK polyomavirus, Canarypox virus, Cotesia congregata bracovirus, Cowpea strakovirus, Glossina pallidipes virus slinné žlázy, Simian virus 12, virus Tacaribe) a zvýšené množství Marsellaviru je pozorováno u CAN i BKVN. Navzdory intrarenální infekci virem BKV u pacientů s BKVN pozorujeme, že nízké hladiny viru BK jsou detekovány také ve všech vyšetřovaných kategoriích tx a zdravých kontrolách, pravděpodobně proto, že virus BK je normální komenzál v lidské moči s perzistencí v lidském uroepitelu při nízkých hladinách u téměř všech vyšetřených HC a ledvinových tx pacientů není neočekávané.

LÉČBA NEMOCI LEDVIN: CISTANCHE

DISKUSE

Studie role mikrobiomu při transplantaci orgánů (13, 17, 34) bere v úvahu vliv příjmu potravy, trávení, metabolismu a modulace; dysbióza mikrobioty způsobená léky TX a IS je však přispívajícím faktorem, který se snižuje u základních převládajících mikrobů a také vede ke ztrátě celkové diverzity a ke vzniku několika nových dominantních mikrobiálních populací (35). Velmi zajímavým zjištěním z této studie je, že pouze 8 z 37 virů identifikovaných v tomto souboru dat bylo dříve popsáno u lidí a mnohé z nich byly také popsány jako patogenní. U některých identifikovaných virů byly popsány lidské infekce, což naznačuje, že jejich přítomnost v moči může souviset s patogenezí obecného systémového nebo základního poškození ledvin. Infekce virem Junin (arenavirem) může vést ke klinickému onemocnění člověka včetně horečky, stejně jako k entitě známé jako argentinská hemoragická horečka (36). Tacaribe virus je arenavirus, který může také způsobit lidské horečky a hemoragické onemocnění (36). Virus HHV-6 je vysoce rozšířený virus u dětí a způsobuje horečku, průjem a vyrážky (37). Rhinoviry jsou jednovláknové RNA viry, které jsou nejinfekčnějším agens u lidí a nejpravděpodobnějším viníkem běžného nachlazení (38). Acanthocystis povrchový chlorella virus 1 byl u 44 procent zdravých lidí (39) a byl popsán pouze v orofaryngu a není známo, že by byl pro člověka patogenní. Marseillský virus je nukleocytoplazmatický velký DNA virus, který byl popsán v krvi a stolici pacientů s nefebrilní lymfadenopatií (40).

Virus SV40 je DNA polyomavirus, který byl pravděpodobně zavlečen do lidské populace prostřednictvím kontaminovaných vakcín (41) a infekce tímto virem je často koinfikována infekcí virem BK, což je téměř neměnný nález v populaci tx. Nedávné studie také zdůraznily roli chronické infekce SV40 u lidských rakovin (42). Protilátky proti T antigenu SV40 zkříženě reagují s T antigeny BK a JC virů, které jsou všechny v rodině polyomavirů, a barvení SV40 se používá pro diagnostiku infekce BK virem u BKVN. Expozice viru BK v ledvinách je pozorována u 90 procent normální populace a naše údaje naznačují, že urinární virom má stopy virových proteinů BK ve všech zdravých kontrolách odebraných do vzorku.

Replikace viru BK je pozorována u 10–60 procent pacientů s ledvinovým tx, u kterých bylo popsáno, že vylučují virus BK močí, což potvrzují naše údaje (obrázek 2). BK virus je latentní v renálních tubulárních epiteliálních buňkách a je známo, že jeho prevalence zvyšuje imunitní dysfunkci a expozici imunosupresi (43). V této studii jsme nedokázali identifikovat žádné specifické rozdíly pro urinární virom, které by mohly odlišit skupiny AR a BKVN, přestože tyto stavy jsou imunologicky odlišné a vyžadují velmi odlišné léčebné přístupy, tj. minimalizaci imunosuprese u BKVN a zvýšení imunosuprese u AR. Kategorie AR byla potvrzena a ve vyšetřované tkáni krabice bylo negativní barvení SV40. Nicméně tato data naznačují, že detekce BKVN může být u pacientů s Tx ledvin nedostatečně hlášena a histologické změny mohou být nerovnoměrné, což vede k poddiagnostikování onemocnění BKVN.

Ze zbývajících 19 virů, které nebyly dříve popsány u lidí, bylo uvedeno, že se následující používají jako pesticidy/insekticidy (nukleopolyhedrovirus E. obliqua, nukleopolyhedrovirus Euproctis pseudoconspersa, nukleopolyhedrovirus Helicoverpa armigera, jediný nukleopolyhedrovirus H. zea). Pesticidy používané ve veřejném zdraví mají omezit potenciál onemocnění, ale je známo, že se dostávají do lidských tkání/tělesných tekutin, pokud se s nimi nepracuje správně, a že organická strava omezuje počet pesticidů v moči dětí (44, 45). . Nález těchto virových proteinů ve vzorcích lidské moči vyvolává otázku expozice životního prostředí těmto dříve neobjeveným možným kontaminantům.

Zjištění 100% prevalence některých virů pouze ve zdravé kontrolní skupině naznačuje, že existují virové komenzály, které mohou existovat buď bez poškození, nebo mohou být dokonce předpokládány, že napomáhají imunitní adaptaci. Fylogenetická stromová analýza těchto virů může být zajímavá, protože některé viry, jako jsou bakteriofágy, hrají důležitou roli ve zdraví tím, že odstraňují patogenní bakterie a pomáhají zvyšovat vrozenou imunitu (16). Snížení počtu ochranných virů nebo fágů může vést ke zvýšené bakteriální proliferaci, která je pozorována v souvislosti s IS po tx ledvin. Metagenomické sekvenování nových virových druhů nalezených u TX pacientů pod IS může identifikovat, zda expozice IS změnila vzorce rezistence nebo rezistenci některých virů, zejména těch, které jsou náchylnější k vyvolání zánětu a imunity (16). Bylo prokázáno, že léčba nanočásticemi stříbra snižuje střevní virové a bakteriální populace, které jsou prozánětlivé (46). Mucinofilní mikrobiomy mohou být náchylnější k poskytování ochranné imunity nehostitele a ztráta jakýchkoli eozinofilních virů/mikrobů s IS může být také hnacím motorem zvýšeného rizika cystitidy a infekcí močových cest pozorovaných u pacientů po tx.

Mikrobiom se prolíná se stavy zdraví a nemocí. Překvapivým zjištěním je nová detekce velkého počtu virů používaných jako pesticidy/insekticidy. Identifikace virů, u kterých se neočekává přítomnost v moči, poukazuje na možnost jejich původu proniknout do tělesných systémů požitím (kontaminace jídla, vody nebo jiných nápojů, jako je mléko) nebo kožní absorpcí (např. nesprávné mytí rukou). Podle federálního zákona je ve skutečnosti uznáváno a přijímáno malé reziduum kontaminace lidských potravin pesticidy/insekticidy (41, 47), i když jejich přítomnost v moči dosud nikdo nezkoumal. Je také možné, že tyto viry kolonizují nebo napadají močové cesty vzestupnou infekcí, zejména v souvislosti s IS u pacientů s TX ledvin, kde je snížená imunitní obrana hostitele.

Další validace těchto výsledků hodnocením repertoáru lidského viromu v různých geografických a demografických kohortách pacientů s různými příčinami poškození ledvin lépe určí, zda konkrétní repertoár virových proteinů pozorovaný v této studii je specifický pro pacienta, jeho zeměpisnou polohu, jeho demografie nebo podtyp onemocnění ledvin. Další validační studie pomocí testů PCR virů v moči mohou poskytnout rychlé posouzení klinického dopadu těchto virů na jiné kohorty poškození ledvin. Je zajímavé, že v repertoáru identifikovaných virových peptidů jsme nepozorovali žádné fágy. To je přičítáno metodologii používané pro přípravu peptidu ze supernatantu moči, který nezachycuje bakterie (které se peletují), hostitele fágových virů (48). Zpráva o viromu založená na analýze sekvence DNA také v publikované zprávě neidentifikovala fágy (19). Studie viromu v moči, která používala izolaci purifikovaných bakteriofágů pomocí gradientu hustoty chloridu česného, ​​uvedla identifikaci fágů (20). Všechny tyto články podporují, že metodika přípravy vzorků ovlivňuje případná zjištění.

Kolonizace, rezistence a mikrobiální ekologie byla popsána a dobře prostudována v souvislosti s mikrobiálními infekcemi (49) a bylo prokázáno, že léčba antibiotiky (v kontextu léčby infekcí u zvířat tvořících potravinářské produkty nebo jako součást antivirová profylaxe u tx pacientů v prvních 3–6 měsících po tx) eliminuje mnoho komenzálních bakteriálních a virových druhů ze střeva a jiných tělesných tekutin a snižuje antimikrobiální obranu (50). Kolonizace mikrobiotou v raném věku formuje imunitní systém a vytváří příležitost pro homeostatický stav, který, pokud je narušen, v kontextu tx a IS, může přispět k zánětu. Přístupy přesné medicíny v budoucnu možná budou chtít přizpůsobit terapii od přístupu „zaměřeného na mikrobioty“ a „zaměřeného na hostitele“ k precizní medicíně. Až donedávna jsme nevěnovali velkou pozornost potravinovému mikrobiomu a pochopení, že mnoho nově vznikajících infekcí může být přenášeno potravinami. Současné snahy vyvinout nástroj pro sledování metagenomu, který bude vyhodnocovat dopad různých infekcí – bakteriálních, virových a plísňových a jejich otisky prstů v kontextu jídla, které jíme, které může být ovlivněno okolní teplotou, špatná příčina přežití v kohortě zvířat, a zemědělské postupy včetně ošetření půdy (ošetření půdy methylbromidem jako pesticidem vede k obrovskému nárůstu druhů Bacillus), vodní zdroje [různé mikrobiální zátěže v rybnících oproti studničním vodám (51)], genetika kultivaru potravinářských rostlin, které může mít za následek změněnou obranyschopnost rostlin vůči mikrobům, rostlinám a pesticidům (51). Virové a bakteriální lipoproteiny mohou být zodpovědné za imunomodulační vlastnosti a nedávné studie také naznačují roli interakce vrozené imunity při regulaci diverzity mikrobiomu a kontrole infekce prostřednictvím specifických buněčných linií, jako jsou slizniční invariantní T buňky (MAIT buňky). Další studie, které se zaměřují na příčinu mikrobiální diverzity lidských tkání a její dopad na zánět a imunitní reakce, budou proto prvořadé jako součást budoucího výzkumu.

LÉČBA NEMOCI LEDVIN: CISTANCHE

ETICKÉ PROHLÁŠENÍ

Všechny studijní vzorky byly odebrány od dětských a mladých dospělých příjemců transplantovaných v letech 2000 až 2011 v Lucile Packard Children's Hospital Stanford University. Studii schválily etické komise lékařské fakulty Stanfordské univerzity a lékařského centra UCSF. Všichni dospělí pacienti a rodiče/opatrovníci jiných než dospělých pacientů poskytli písemný informovaný souhlas s účastí na výzkumu v plném souladu s Helsinskou deklarací.

AUTORSKÉ PŘÍSPĚVKY

MS a TS se podílely na návrhu studie; Na sepsání článku a interpretaci výsledků se podílely SN, TS, NM a MS; NM provedl statistické analýzy a vyhodnocení výsledků; CN, KB-J a W-JQ generovaly a zpracovávaly nezpracovaná data.

FINANCOVÁNÍ

Děkujeme za podporu Kalifornské univerzity v San Franciscu. Autoři oceňují finanční podporu od NIDDK R01DK083447 (do MS), DP3 DK110844 (W-JQ) a P41 GM103493 (W-JQ).

LÉČBA NEMOCI LEDVIN: CISTANCHE

ODKAZ

1. Potgieter M, Bester J, Kell DB, Pretorius E. Dormantní krevní mikrobiom u chronických zánětlivých onemocnění.FEMS Microbiol Rev(2015) 39 (4): 567–91. doi:10.1093/female/fuv013

2. Zhang Y, Zhao F, Deng Y, Zhao Y, Ren H. Metagenomická a metabolomická analýza toxických účinků trichloracetamidem indukovaného střevního mikrobiomu a poruch metabolomu moči u myší.J Proteom Res(2015) 14(4):1752–61. doi:10.1021/pr5011263

3. Lewis DA, Brown R, Williams J, White P, Jacobson SK, Marchesi JR, et al. Lidský močový mikrobiom; bakteriální DNA ve vyloučené moči asymptomatických dospělých.Přední Buňka Infikovat Microbiol(2013) 3:41. doi:10.3389/fcimb.2013.00041

4. Fouts DE, Pieper R, Szpakowski S, Pohl H, Knoblach S, Suh MJ, et al. Integrované sekvenování nové generace 16S rDNA a metaproteomika odlišují mikrobiom zdravé moči od asymptomatické bakteriurie v neuropatickém močovém měchýři spojené s poraněním míchy.J Přel Med(2012) 10:174. doi:10.1186/1479-5876-10-174

5. Lim Y, Totsika M, Morrison M, Punyadeera C. Profily mikrobiomu slin jsou minimálně ovlivněny metodami odběru nebo protokoly extrakce DNA.Sci Rep(2017) 7(1):8523. doi:10,1038/s41598-017-07885-3

6. Nasidze I, Quinque D, Li J, Li M, Tang K, Stoneking M. Srovnávací analýza diverzity mikrobiomu lidských slin pomocí pyrosekvenování a klonování s čárovým kódem.Anální Biochem(2009) 391 (1): 64–8. doi:10.1016/j.ab.2009.04.034

7. Wang Y, Kasper LH. Úloha mikrobiomu při poruchách centrálního nervového systému.Mozek Chovej se Immun(2014) 38:1–12. doi:10.1016/j.bbi.2013.12.015

8. Lee SH, Sung JY, Yong D, Chun J, Kim SY, Song JH a kol. Charakterizace mikrobiomu v tekutině bronchoalveolární laváže pacientů s rakovinou plic ve srovnání s benigními lézemi podobnými hmotě.Plíce Rakovina(2016) 102:89–95. doi:10.1016/j.lungcan.2016.10.016

9. Twigg HL III, Morris A, Ghedin E, Curtis JL, Huffnagle GB, Crothers K, et al. Použití bronchoalveolární laváže k posouzení respiračního mikrobiomu: signál v šumu.Lanceta Respir Med(2013) 1 (5): 354–6. doi:10.1016/S2213-2600 (13)70117-6

10. Konsorcium projektu Human Microbiome Project. Rámec pro výzkum lidského mikrobiomu.Příroda(2012) 486 (7402): 215–21. doi:10.1038/příroda11209

11. Kroemer A, Elsabbagh AM, Matsumoto CS, Zasloff M, Fishbein TM. Mikrobiom a jeho důsledky při transplantaci střev.Curr Opin Orgán Transplantace(2016) 21 (2): 135–9. doi:10.1097/MOT.0000000000000278

12. Weber D, Oefner PJ, Hiergeist A, Koestler J, Gessner A, Weber M a kol. Nízké hladiny indoxylsulfátu v moči brzy po transplantaci odrážejí narušený mikrobiom a jsou spojeny se špatným výsledkem.Krev(2015) 126 (14): 1723–8. doi:10.1182/krev-2015-04-638858

13. Vindigni SM, Surawicz CM. Střevní mikrobiom: klinicky významný hráč v transplantacích?Expert Rev Clin Immunol(2015) 11(7):781–3. doi:10.{6}}/1744666X.2015.1043894

14. Becker J, Poroyko V, Bhorade S. Plicní mikrobiom po transplantaci plic.Expert Rev Respir Med(2014) 8 (2): 221–31. doi:10.1586/17476348.{8}}.890518

15. Hartman AL, Lough DM, Barupal DK, Fiehn O, Fishbein T, Zasloff M, et al. Lidský střevní mikrobiom přijímá alternativní stav po transplantaci tenkého střeva.Proč Natl Akad Sci U S A(2009) 106 (40): 17187–92. doi:10.1073/pnas.0904847106

16. Rani A, Ranjan R, McGee HS, Andropolis KE, Panchal DV, Hajjiri Z, et al. Močový mikrobiom pacientů po transplantaci ledviny odhaluje dysbiózu s potenciálem rezistence na antibiotika.Přel Res(2017) 181:59–70. doi:10.1016/j. trsl.2016.08.008

17. Fricke WF, Maddox C, Song Y, Bromberg JS. Charakterizace lidské mikroflóry v průběhu transplantace ledvin.Dopoledne J Transplantace(2014) 14 (2): 416–27. doi:10.1111/ajt.12588

18. Lee JR, Muthukumar T, Dadhania D, Toussaint NC, Ling L, Pamer E a kol. Struktura střevní mikrobiální komunity a komplikace po transplantaci ledviny: pilotní studie.Transplantace(2014) 98 (7): 697–705. doi:10.1097/ TP.0000000000000370

19. Rani A, Ranjan R, McGee HS, Metwally A, Hajjiri Z, Brennan DC, et al. Různorodý virom u pacientů po transplantaci ledviny obsahuje více virových subtypů s odlišnými polymorfismy.Sci Rep(2016) 6:33327. doi:10.1038/srep33327

20. Santiago-Rodriguez TM, Ly M, Bonilla N, Pride DT. Lidský močový virom je spojen s infekcemi močových cest.Přední Microbiol(2015) 6:14. doi:10.3389/fmicb.2015.00014