Studie síťové farmakologie o estrogenním účinku glykosidů CiStanche Deserticola
Apr 22, 2025
Abstraktní
Tato studie zkoumá potenciální mechanismus estrogenních účinků podobnýchglykosidyCiStanche Deserticola(GCS)Na základě síťové farmakologie kombinované s transkriptomickými daty. Celkem40 aktivních složekGC s estrogenními účinky byly předpovídány pomocí databází, jako je napříkladTCMSP, Symmap, Atd, Steh, aQsar.
Cílové informace o onemocněních estrogenních nedostatků byly získány zGenecardsaOmimdatabáze. Klíčové cíle byly prověřeny a aSíť PPIbyl postaven.Go Funkční analýza obohaceníaAnalýza obohacení cesty Keggbyly provedeny za účelem identifikace klíčových cílů a cest.
V kombinaci s předběžnými transkriptomickými daty byla provedena korelační analýza mezi cíli farmakologické predikce síťové a cesty KEGG, aby se dále odhalil mechanismus estrogenního účinku GCS.
183 cílůbyly promítány a1 712 cílůbyly vybrány pro onemocnění nedostatku estrogenu.
24 cílů klíčových klíčůbyly získány.
Funkce GO a obohacení cesty Kegg ukázalo, že GCS působí hlavně na biologické procesy, jako jsou:
Vazba cytokinového receptoru
Vazba estrogenového receptoru
Vazba receptoru růstového faktoru
Aktivita jaderného receptoru
Vazba receptoru jaderného hormonu
Aktivita receptoru steroidních hormonů
Vazba hormonálního receptoru
Regulační cesty zahrnují:
Signální dráha nádorového nekrózy (TNF)
Interleukin -17 (il -17) Signální dráha
Hypoxie indukovatelný faktor -1 (HIF -1) Signální dráha
Estrogenová signální cesta
Změny genové exprese byly detekovány ve všech24 základních cílůkroměMCL1aGCG. Včetně odlišně exprimovaných genůAR, CASP8, ESR1, Fos, aHMOX1. Celkem68 Kegg cestybyly identifikovány sEstrogenová signální cesta, Signální dráha tábora, aTNF signální dráhabýt hlavní cesty.
Závěr
GlykosidyCiStanche Deserticolamůže vyvíjet estrogenové účinky prostřednictvím „vícesložkového mechanismu“, více cílech, více cest. Tento mechanismus může souviset s regulací:
Estrogenová signální cesta
Signální dráha tábora
TNF signální dráha
Namísto přírodních pilulek Cistanche ExtractEstromimetické
Whatsapp nás pro více podrobností
Klíčová slova
GlykosidyCiStanche Deserticola
Estromimetické
Síťová farmakologie
Transkriptomika
Společná analýza
Estrogenje nezbytným hormonem ve vývoji ženského reprodukčního systému a sekundárních sexuálních charakteristik a hraje klíčovou roli při regulaci ženské plodnosti a genderových rysů [1]. Po vstupu do menopauzy ženy zažívají pokles funkce vaječníků, což vede ke snížení produkce estrogenu, což zase způsobuje řadu stavů, jako je osteoporóza, ateroskleróza, menopauzální syndrom a koronární srdeční choroby [2]. Tradiční substituční terapie estrogenem může zmírnit nebo snížit příznaky způsobené nedostatkem estrogenu, ale tato léčba může také vést k potenciálním vedlejším účinkům [3]. Studie ukázaly, že dlouhodobé použití estrogenu může mít za následek nadměrnou proliferaci endometria, děložních fibroidů a hyperplázie mléčné žlázy, mimo jiné nežádoucí účinky. Proto hledání efektivní, bezpečné a praktické léčby ke zlepšení nízké úrovně estrogenu má velký význam a hodnotu [4].
Estrogeny rostlin jsou látky schopné vyvíjet aktivitu podobnou estrogenu. Jejich molekulární struktura je podobná struktuře savčího estrogenu, což jim umožňuje specificky vázat se na estrogenové receptory a vytvářet mírné účinky podobné estrogenu [5]. Výzkum ukazuje, že rostlinné estrogeny mají různé farmakologické účinky, včetně antioteoporózy a změny metabolických poruch [6].
CiStanche Deserticolaje sušená, masitá stonek s šupinatými listy rostliny OrobanchaceaeCiStanche Deserticola YC MA. Má funkce, jako je tonifikace ledvin, obohacující podstata a krev a zvlhčení střev, aby se zmírnila zácpu. Běžně se používá k léčbě nedostatku ledviny, podstaty a nedostatku krve, impotence, neplodnosti, bolestivosti a slabosti pasu a kolen a zácpy způsobené suchostí ve střevě [7]. Předchozí studie výzkumné skupiny potvrdily, že celkové glykosidyCiStanche Deserticola(GCS), s obsahem větší než 60% echinacosidu, jsou hlavními aktivními složkami odpovědnými za jeho estrogenové účinky. GC významně zvyšují koeficient dělohy a výšku endometriálních epiteliálních buněk u nezralých potkanů. Výsledky transkriptomické analýzy ukázaly, že GC mají estrogenové účinky prostřednictvím 2 953 odlišně exprimovaných genů, z nichž 1 475 bylo upregulováno a 1 478 bylo downregulováno. Tyto geny souvisejí hlavně s odezvou estrogenu, pozitivní regulací metabolických procesů dusíku, vývojovými procesy a regulací biologických procesů. Primárně se účastníEstrogenová signální cesta, Signální dráha tábora, RAP1 signální dráha, aMAPK signální dráha [8-9].
Síťová farmakologie tradiční čínské medicíny (TCM) může prozkoumat mechanismy TCM při léčbě onemocnění screeningem TCM složek, předpovídat cílové proteiny aktivních složek a analyzovat signální dráhy zapojené do těchto cílových proteinů [10-12]. Aby se tato studie dále odhalila mechanismus účinků GCS podobných estrogenu, používá tato studie analýza bioinformatiky založené na předchozích transkriptomických datech skupiny, aby odhalila možný mechanismus, kterým celkemglykosidyCiStanche Deserticola vyvíjet estrogenové účinky.
1. experimentální databáze a software
TCMSP: http://lsp.nwu.edu.cn/tcmsp.php
Symmap: https://www.symmap.org
Atd: http://www.nrc.ac.cn:9090/etcm/
Steh: http://sitch.embl.de/
Qsar: http://targetNet.scbdd.com/
Pubchem: https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov
UNIPROT: http://www.uniprot.org/
Genecards: http://www.genecards.org/
Omim: https://www.omim.org/
Řetězec: https://string-db.org/
Kegg: https://www.kegg.jp/
JÍT: http://geneontology.org/
R jazyk: Rx 64 3. 5.3 s následujícími balíčky:
Venndiagram
Count.R
ClusterProfiler
org.hs.eg.db
symbol2Id
Perl skript: addSymbol.pl
Cytoscape: Verze 3.7.1
2. experimentální metody
2.1 Síťová farmakologie Predikce mechanismu podobného estrogenu GCS
2.1.1 Predikce cílů hlavních aktivních komponent GCS
Pomocí analýzy UPLC/Q-TOF-MS bylo identifikováno 40 sloučenin s estrogenovou farmakologickou aktivitou [13]. Tyto sloučeniny byly prohledányTCMSP, Symmap, aAtdDatabáze pro nalezení potenciálních cílů genu pro každou sloučeninu. Navíc byly do importovány struktury složených úsměvůStehaQsardatabáze pro shromažďování cílů. Všechny shromážděné cíle byly sloučeny a duplikáty byly odstraněny za účelem získání potenciálních cílových proteinů.
2.1.2 Informace o cílové databázi podobné estrogenu
Klíčová slova „Deficit estrogenu“ byla použita k hledání relevantních cílů vGenecardsaOmimdatabáze.
2.1.3 Konstrukce sítě „Active Comlound - Core Target - Estrogen -like“
PomocíVenndiagramBalíček V R, průnik cílů z obou zdrojů byl vynesen jako Venn diagram. Údaje o interakci kandidátních proteinů byly importovány doCytoscape v3.9.1a byly identifikovány základní cíle. Byly vybrány odpovídající sloučeniny základních cílů a síť „Sloučená cíl - estrogen podobná“ byla vizuálně analyzována a konstruována pomocí pomocí pomocíCytoscape v3.9.1.
2.1.4 Konstrukce sítě PPI
Základní cílové informace byly importovány doŘetězec database, selecting the species "Homo sapiens" and setting the confidence score to >0. 7 Chcete-li vytvořit síť Interakce protein-protein Interaction (PPI). TheCount.RBalíček v R byl použit k analýze a výběru top 20 jádrových genů s nejvyšší konektivitou mezi cílovým proteiny jádra, které byly vizualizovány.
2.1.5 GO Funkční analýza obohacení a analýza obohacení cesty Kegg
U základních cílových genů bylo provedeno vyhledávání databáze GO a KEGG pomocí balíčků Rorg.hs.eg.db, symbol2Id, aClusterProfiler. Top 20 cest s korigovanými p-hodnotami bylo vizualizováno jako sloupcové grafy, analyzovaly významné funkční anotace a cesty obohacené základní cíli estrogenových účinků GCS.
2.2 Integrace s transkriptomickými daty
2.2.1 Korelační analýza mezi předpokládanými cíli a transkriptomickými geny
Protože druhy v předpovědi farmakologie sítě jsou lidské, cíle byly přeměněny na homologní geny potkanů pomocíHGNCprostřednictvím funkce „Tools-HCOP“. Hladiny exprese diferenciálních genů byly analyzovány mezi skupinou GCS a kontrolní skupinou v transkriptomickém sekvenování [9].
2.2.2 Korelační analýza mezi předpovědi síťové farmakologie a transkriptomickými dráhami Kegg
V databázi KEGG byly prohledávány základní cílové geny předpovídané síťovou lékárnicí (převedeno na homologní geny potkana) pomocí balíčků R pomocí RBioconductoraClusterProfilerspolu sid2Symbol.plskript. Druh byl omezen na „RNO“ a cesty s Padjust <0. 05 byly prověřeny. Byla provedena Vennova analýza za účelem identifikace překrývajících se cest mezi cesty Kegg obohacenými prostřednictvím předpovědí síťových farmakologie a transkriptomických experimentů souvisejících s estrogenovými účinky GCS.
