Mechanismus Herba Cistanches-Epimedium Herb-Fortune's Drynaria Rhizome v léčbě osteoporózy na základě farmakologie sítě a molekulárního dokování
Aug 21, 2024
Abstraktní:
Cíl Studium mechanismu herba cistanches -epimedium bylina -štěstěnka drynaria oddenek na osteoporózusíťovou farmakologií.
Metody Tradiční čínská medicína Systems Pharmacology Database and Analysis Platform (TCMSP) byla použita k nalezení hlavních součástí a cílůherba cistanches-epimediumoddenek drynaria herb-fortune'sa databáze Geen Cards byla použita k nalezení cílových genů osteoporózy. Venny2.1.0 byla použita k protnutí genů, databáze String byla použita pro interakci proteinůsíťová analýzaCytoscape byl použit ke konstrukci diagramu sítě aktivita-komponenta-cíl, databáze David byla použita pro analýzu obohacení GO a analýzu KEGG dráhy a bylo provedeno molekulární dokování.
Výsledky V herbě bylo 46 účinných složekci-stanches-epimediumherb-fortune's Drynaria oddenek a225 společných cílů sosteoporóza. suchilakton, kvercetin, luteolin, kaempferol, eriodictyol, eriodyctiol a naringenin byly hlavními složkami, AKT1, ERS2, MMP-9, AR a mTOR byly hlavními cíli. Obohacení GO ukázalo 489 biologických procesů (BP), 53 buněčných komponent (CC) a 100 molekulárních funkcí (MF). Výsledky KEGG ukázaly, že bylo získáno 149 rakovinných drah, signální dráhy PI3K-Akt, signální dráhy estrogenu a tak dále. Výsledky molekulárního dokování ukázaly, že MMP -9 se může dobře vázat na suchilakton, kvercetin, luteolin a kaempferol.
PRODÁM SUROVINY HERBA CISTANCHE-EPIMEDIUM
ZávěrHerba cistanches-epimedium bylina-štěstídrynaria oddenek má vícecílový účinek naosteoporóza. Účinné složky léku mohou regulovatcíle související s osteoporózouz více cest k léčbě osteoporózy.
klíčová slova: Herba cistanche; Epimedium bylina; Fortune's Drynaria oddenek; Síťová farmakologie; Molekulární dokování; Mechanismus působení
Osteoporóza (OP)je ametabolické onemocnění kostícharakterizované systémovou ztrátou kostní hmoty a nerovnováhouosteoblastya osteoklasty.
Klinické projevy jsousnížená hustota kostí,zvýšená křehkost kostía snadné zlomeniny. Výskyt OP výrazně stoupá s věkem. Studie ukázaly, že míra výskytu OP u lidí mladších 50 let je 15% až 50%, zatímco ve věku nad 60 let se míra výskytu zvyšuje na více než 56%. Různé klinické příznaky způsobené OP vážně ovlivnily zdravý život seniorů.
Moderní medicína má stále určitá omezeníošetřování OPasyntetické drogymít také jisténefrotoxicita. Tradiční čínská medicína hraje stále důležitější roli v léčbě nemocí, jako je OP, včetně epimedium, cistanche a dalších čínských bylinných léků. Mezi nimi má Rehmannia glutinosa specifickou agonistickou aktivitu vůči kanabinoidnímu receptoru typu 2 (CB2R) a může být regulována prostřednictvím CB2R. Funkce osteoblastů a osteoklastů [1]. Epimedium a Cistanche deserticola mají účinek na tonizaci ledvin a doplnění esence a často se používají v kombinaci s jinými rostlinnými léky k léčbě OP. Tato studie používásíťová farmakologiemetody, jak prozkoumat potenciální cíleCistanche deserticola-Epimedium-Drynariaepro léčbu OP, a objasňuje jeho dráhy, dráhy, molekuly atd., které na OP působí, s cílem dále rozvíjet OP terapeutická léčiva na klinice. Poskytujte nové nápady.
1 Materiály a metody
1.1 Zdroje dat
Síťové farmakologické databáze a software zahrnuté v této studii zahrnují databázi TCMSP (https://old.tcmsp-e.com/), databázi Pubchem (https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov), databázi Swiss Target Prediction (http://swisstarget-prediction.ch/), Venny2 (https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html), Metascape (https://metascape.org) a Cytoscape v3 .9.0 (https://cytoscape.org/).
PRODÁM SUROVINY HERBA CISTANCHE-EPIMEDIUM
1.2 Metody
1.2.1 Screening účinných látek a cílů léčiv
Databáze TCMSP farmakologické databáze a analytické platformy systému čínské medicíny byla použita k vyhledávání složek léčiv s klíčovými slovy Drynaria, Epimedium a Cistanche deserticola. Hlavní složky léčiv byly testovány za podmínek orální biologické dostupnosti (OB) větší nebo rovné 30 % a hodnoty vlastnosti léčiva podobné sloučenině (DL) větší nebo rovné 0,18. Cíle odpovídající každé složce byly nalezeny na základě databáze PubChem a databáze Swiss Target Prediction. Cíle onemocnění byly získány na základě databáze Geen Cards s osteoporózou jako předmětným slovem.
1.2.2 Výstavba sítě PPI a screening hlavních cílů
Průnikové geny nemocí a léků byly získány pomocí Venny2.1.0 a síťový diagram PPI byl zkonstruován pomocí softwaru String. Síťový diagram PPI byl importován do Cytoscapev3.9.0 za účelem prozkoumání hlavních cílů a vytvoření sítě lékové složky-cíl-nemoc. 1.2.3 Obohacení GO a analýza dráhy KEGG Abychom prozkoumali roli Cistanche deserticola, Epimedium a Drynariae v léčbě OP, byly hlavní cíle vloženy do databáze David a druh byl omezen na „Homo sapiens“ pro gen GO. obohacení a analýzu KEGG dráhy. Nejvýznamněji obohacené položky, jako je složení buněk (CC), biologický proces (BP), molekulární funkce (MF) a KEGG, byly prověřovány a importovány do Microbiology Information pro vizuální analýzu.
1.2.4 Molekulární dokování Chemická struktura hlavního cíle byla stažena na základě databáze PDB a uložena ve formátu PDB. 3D struktura základní komponenty byla stažena pomocí databáze PubChem. K odstranění vody a ligandů s malými molekulami byl použit software Pymol. Pro molekulární dokování byl použit software Autodock a byla vypočtena vazebná energie.
2 Výsledky
2.1 Účinné látky léčiv – cíle a cíle pro onemocnění
Prostřednictvím databáze TCMSP bylo získáno celkem 46 aktivních složek, včetně 22 hlavních složek Epimedium, 18 aktivních složek Drynaria fortunei a 6 aktivních složek Cistanche deserticola, jak je uvedeno v tabulce 1.
2.2 Průnik cílů léků a cílů nemoci Průnik genů získaných pomocí softwaru Venny
Existuje celkem 225 genů, jak ukazuje obrázek 1. Mezi nimi je 274 cílů pro léky a 3093 cílů pro onemocnění.
2.3 Konstrukce a analýza sítě PPI
Proteinová síť byla vytvořena prostřednictvím databáze String a hlavní cílová síť byla získána screeningem hlavního cíle.
Jak ukazuje obrázek 2, bylo získáno 51 uzlů a 704 interakcí. Prvních 5 cílů seřazených podle hodnoty stupně je MAPK3, AKT1, TNF, EGFR a SRC.
2.4 Konstrukce sítě lék-složka-cíl-nemoc
Cíl lék-složka cíl-choroba byl importován do softwaru Cytoscape a data byla analyzována za účelem sestavení síťového diagramu (viz obrázek 3). Mezi nimi byl počet uzlů hlavních složek, jako je MOL005384 (suchilakton), MOL000098 (kvercetin), MOL000006 (luteolin), MOL000422 (kaempferol), MOL005190 (eriodictyol), MOL002914 a MOL002914 a 3inEriody významně, významně vyšší než u ostatních složek. Hlavními cíli jsou AKT1, ERS2, MMP-9, AR, mTOR atd.
2.5 Analýza obohacení GO a analýza KEGG dráhy
Analýza obohacení GO byla provedena na 51 hlavních cílech a výsledky analýzy získaly 489 BP, 53 CC a 100 MF. Prvních 15 položek každého srovnání bylo použito k vytvoření mapy obohacení GO, která zahrnovala pozitivní regulační biologický proces transkripce promotoru RNA polymerázy II, negativní regulaci apoptózy, makromolekulární komplexní buněčné složky, mitochondriální buněčné složky, molekulární funkce vázající proteinkinázu, a molekulární funkce vázající DNA specifické pro sekvenci DNA promotoru jádra RNA polymerázy II, jak je znázorněno na obrázku 4.
Výsledky KEGG ukázaly, že bylo získáno 149 signálních drah, včetně dráhy rakoviny, signální dráhy PI3K-Akt, signální dráhy estrogenu, signální dráhy HIF-1 atd. K provedení KEGG analýzy bylo použito 20 nejlepších drah (viz Obrázek 5).
